违反劳动纪律扣三薪是否合法，需分情况讨论：

1. 若劳动合同或规章制度中有明确规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位与劳动者签订的劳动合同以及依法制定的规章制度，是处理劳动争议的重要依据。如果劳动合同或规章制度中明确规定了违反特定劳动纪律将扣除三薪（即基本工资、岗位津贴、奖金等全部或部分），并且该规定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么用人单位依据此规定扣除三薪是合法的。但需要注意的是，扣除的金额和比例应当合理，不能过度剥夺劳动者的劳动报酬。

2. 若劳动合同或规章制度中无明确规定：

   • 如果劳动合同或规章制度中没有明确规定违反劳动纪律将扣除三薪，那么用人单位无权擅自扣除。在这种情况下，用人单位若对劳动者进行经济处罚，可能构成违法。劳动者有权要求用人单位按照劳动合同的约定支付劳动报酬，并可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

3. 扣除三薪需遵循的程序和原则：

   • 即使劳动合同或规章制度中有明确规定，用人单位在扣除三薪时，也应当遵循正当程序和原则。例如，应当事先告知劳动者违反劳动纪律的具体事实和依据，以及将扣除的金额和比例；应当确保扣除的金额和比例与劳动者的过错程度相适应；应当为劳动者提供申诉和救济的途径等。

法律建议：

• 对于劳动者而言，如果认为用人单位扣除三薪的行为违法或不合理，可以首先与用人单位进行协商，寻求和解。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣除的工资，并可能获得相应的赔偿。
• 对于用人单位而言，应当依法制定和完善劳动合同和规章制度，明确违反劳动纪律的处罚措施和程序。在执行处罚时，应当遵循正当程序和原则，确保处罚的合法性和合理性。

可能后果：

• 如果用人单位违法扣除三薪，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付被扣除的工资、加付赔偿金等。同时，还可能影响用人单位的声誉和劳动关系稳定性。
• 如果劳动者对用人单位的处罚行为不满并采取法律行动，用人单位可能需要承担额外的法律费用和时间成本。

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