结论前置：公司因员工违反公司规定而扣工资是否合法，需根据具体情况判断，关键在于公司的规章制度是否合法制定、内容是否合理、是否有充分证据，以及扣罚行为是否符合法律规定。以下从多个角度进行详细分析：

合法扣工资的情况

1. 规章制度合法有效：

   • 制定程序合法：公司规章制度需通过民主程序制定，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，需向劳动者公示，确保员工知晓。例如，公司通过职工大会讨论并通过了新的考勤制度，并在公司公告栏进行了公示。
   • 内容合理合法：规章制度内容不得违反法律法规的强制性规定，扣罚幅度需在合理范围内，不得严重损害劳动者的基本权益。比如，规定迟到一定次数后，扣除相应比例的工资，但扣除部分不得超过当月工资的20%，且剩余部分不得低于当地最低工资标准。

2. 证据充分：公司需有充分证据证明员工确实违反了相关规定，如监控录像、书面违规报告、员工承认记录等。例如，公司提供了监控录像，显示员工在工作时间擅自离岗，且员工也承认了这一行为。

3. 经济损失赔偿：若员工因个人原因给公司造成经济损失，公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条，从员工工资中扣除赔偿，但扣除部分不得超过当月工资的20%，且剩余部分不得低于当地最低工资标准。比如，员工因疏忽导致公司设备损坏，公司根据设备维修费用和员工工资情况，合理确定了扣除比例。

不合法扣工资的情况

1. 规章制度违法：

   • 如规章制度未按照法定程序制定，或与法律法规相抵触，如规定迟到一次扣当月工资的一半等不合理且违法的条款，则扣工资行为不合法。例如，公司未经职工讨论，单方面制定了严厉的扣罚制度，且扣罚幅度远超法律规定。

2. 缺乏证据：

   • 公司声称员工违反规定，但无法提供充分有效的证据来证明，此时扣工资行为不合法。比如，公司仅凭口头指控员工违反规定，但没有提供任何书面或视频证据。

3. 直接罚款或无故克扣：

   • 罚款作为行政处罚手段，公司无权直接以“罚款”名义扣除员工薪资。根据《中华人民共和国劳动法》第九十一条，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。例如，公司以员工违反内部规定为由，直接从工资中扣除了一笔“罚款”，这是不合法的。

员工权益保护

若员工认为公司扣工资行为不合法或不合理，可采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 与公司协商：首先要求公司解释扣工资的原因，并争取恢复正常的工资待遇。例如，员工可以与公司人力资源部门或上级领导进行沟通，了解扣工资的具体原因和依据。

2. 向劳动行政部门投诉：若协商无果，可向当地的劳动监察大队投诉，请求协助处理解决。投诉时，员工应提供相关证据，如工资条、考勤记录、公司规章制度等，以证明自己的权益受到了侵害。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：若投诉仍未解决问题，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，还可向人民法院提起诉讼，要求用人单位支付被扣的工资及相应的赔偿。在仲裁或诉讼过程中，员工应积极配合仲裁机构或法院的调查和审理工作，提供充分的证据来支持自己的主张。

总结与建议：公司因员工违反公司规定而扣工资是否合法，需综合考虑规章制度的合法性、证据的充分性、扣罚行为的合理性等多个因素。作为员工，应了解自己的权益和法律法规的相关规定，在遭遇不合法扣工资时，及时采取措施维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。