公司规定违法时，一般不可以直接扣工资，但特定情况下因员工原因给公司造成损失，公司可依法按比例扣除工资作为赔偿。以下从不同角度为您详细分析：

一、公司规定违法与扣工资的关系

公司制定的规章制度必须合法合规，不得违反法律法规的强制性规定。如果公司规定本身违法，比如规定可以随意扣减员工工资、不支付加班费等，那么这样的规定是无效的，公司不能依据这些违法规定来扣减员工工资。员工有权拒绝执行违法的公司规定，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

二、员工原因给公司造成损失时的工资扣除

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但需要满足以下条件：

1. 前提条件：

   • 用人单位必须有明确的证据证明劳动者的行为与公司损失之间存在直接因果关系。
   • 劳动合同或公司规章制度中应有关于员工因个人原因给公司造成损失时赔偿责任的相关规定，且这些规定不违反法律法规的强制性规定。

2. 扣除比例限制：

   • 每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
   • 若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。

3. 法定程序要求：

   • 用人单位在扣除工资前，应对员工的违法行为进行调查核实，并听取员工的陈述和申辩。
   • 扣除工资的决定应书面通知员工，明确说明扣除的原因、金额等事项。

三、实际操作中的建议

1. 公司角度：

   • 公司应确保规章制度合法合规，避免制定违法的规定。
   • 在员工给公司造成损失时，公司应依法进行调查核实，并保留好相关证据。
   • 扣除工资时，公司应严格按照法定程序和比例进行，避免引发劳动争议。

2. 员工角度：

   • 员工应了解自己的合法权益，拒绝执行违法的公司规定。
   • 如果公司违法扣减工资，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
   • 在与公司就赔偿问题产生争议时，员工应积极与公司协商，或寻求法律援助来解决问题。

四、示例说明

假设某员工因疏忽大意导致公司货物损坏，造成经济损失5000元。公司根据劳动合同和规章制度的规定，要求该员工赔偿经济损失。在扣除工资时，公司应确保：

• 每月扣除的金额不超过该员工当月工资的20%。
• 如果扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
• 扣除工资前，公司已对该员工的疏忽大意行为进行调查核实，并听取了员工的陈述和申辩。
• 扣除工资的决定已书面通知员工，并明确说明了扣除的原因和金额。

综上所述，公司规定违法时一般不可以直接扣工资。在员工原因给公司造成损失的情况下，公司可依法按比例扣除工资作为赔偿，但必须满足一定的条件和程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。