结论前置：员工违法公司规定时，公司不能直接扣除其全部工资，但在满足一定条件并遵循相关规定的情况下，可以从员工工资中扣除部分作为赔偿。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与原则
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保障劳动者合法权益的基本原则，公司不能仅凭员工违反规定就扣除其工资。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
二、可以扣除工资的情形及条件
经济损失赔偿：
- 当员工的违法行为给公司造成了直接的经济损失时，公司有权要求员工赔偿。这种赔偿可以从工资中适当扣除，但必须遵循上述比例和最低工资标准的限制。
合法规章制度：
- 如果公司的规章制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）、内容不违反法律法规强制性规定，并已向劳动者公示，那么该制度对员工具有约束力。在此情况下，公司可以依据规章制度对员工因违法行为造成的经济损失进行“经济赔偿”（而非真正意义上的罚款），并从工资中扣除。但同样受到上述比例和最低工资标准的限制。
三、不可以扣除工资的情形
制度违法或不合理：
- 如果公司的规章制度本身存在违法或明显不合理的情况（如过高的罚款金额），那么依据该制度进行的任何形式的罚款和工资扣除都是不合法的。
未经法定程序制定或公示：
- 如公司未经过民主程序制定规章制度，或者制定后未向员工有效公示，那么该制度对员工不具有法律约束力，公司不能据此对员工进行罚款或从工资中扣除款项。
四、实际操作建议
公司角度：
- 在制定规章制度时，应确保内容合法、合理，并经过民主程序制定和公示。
- 在处理员工违法行为时，应首先进行调查核实，并听取员工的陈述和申辩。
- 扣除工资的决定应书面通知员工，明确说明扣除的原因、金额等事项，并确保扣除比例和剩余工资符合法律规定。
员工角度：
- 应了解公司的规章制度和自己的权利义务，遵守公司规定，避免违法行为。
- 如果公司无理扣除工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身合法权益。
举例说明：假设某员工因违反公司规定导致公司损失了5000元，而该员工当月工资为3000元。根据《工资支付暂行规定》第十六条，公司每月最多只能扣除该员工工资的20%，即600元。如果公司扣除600元后，该员工剩余工资仍高于当地月最低工资标准，则这种扣除是合法的。但如果公司试图扣除更多金额或全部工资，则违反了法律规定。
总结：员工违法公司规定时，公司不能直接扣除其全部工资，但可以在满足一定条件并遵循相关规定的情况下，从员工工资中扣除部分作为赔偿。公司在处理此类问题时，应确保合法合规，避免可能的法律风险。员工也应了解自己的权利和责任，在遇到不当扣款时及时寻求法律援助。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的建议，可以直接向我咨询。