员工违规，公司是可以扣除奖金的，但这一行为必须严格遵循相关法律法规和公司的规章制度，确保合法合规。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：虽然该条款主要规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠，但并未直接涉及奖金的支付与扣除。然而，奖金作为劳动报酬的一部分，其支付与扣除同样应受到劳动法的保护与约束。
《工资支付暂行规定》第十六条：此条款规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且经济损失的赔偿可以从劳动者本人的工资中扣除。虽然该条款主要针对工资扣除，但奖金作为劳动报酬的组成部分，在合理范围内也可参照执行。不过，扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条：该条款明确，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。这表明，对于严重违规的员工，用人单位不仅有权解除劳动合同，也有权在规章制度中规定相应的处罚措施，包括扣除奖金。
二、公司规章制度的重要性
明确规定：公司应制定明确的规章制度，详细规定哪些行为属于违规行为以及相应的处罚措施，包括奖金的扣除。这样，当员工违规时，公司可以依据规章制度进行处罚，确保处罚的合法性和合理性。
合法性审查：公司的规章制度必须符合国家法律法规的要求，不能随意设定罚款或扣除奖金的项目。否则，这些规章制度可能被视为无效，公司也无法依据其进行处罚。
公示与告知：规章制度应通过民主程序制定，并向全体员工公示或告知。这样，员工可以了解并遵守公司的规章制度，公司也可以确保员工知晓违规行为的后果。
三、扣除奖金的合理性与注意事项
合理性：扣除奖金应基于员工的实际违规行为和公司的规章制度，确保公平、公正。公司不能随意扣除员工的奖金，否则可能引发劳动争议。
比例限制：虽然法律对奖金扣除的具体比例没有明确规定，但公司应参考工资扣除的比例限制（如不超过当月工资的20%），避免过度扣除。同时，扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
程序正当：扣除奖金应遵循一定的程序，如调查核实、听取员工意见、作出决定等。这样，可以确保员工的合法权益不受侵害，也可以避免公司因程序不当而引发的法律风险。
保留证据：公司应保留员工违规的相关证据，如监控录像、书面记录等。这些证据可以在必要时进行举证，证明公司扣除奖金的合理性和必要性。
举例说明：假设某公司员工因违反公司规定，擅自将公司机密文件泄露给外部人员，给公司造成了重大经济损失。根据公司的规章制度，该员工应被扣除当月奖金。在此情况下，公司可以依据规章制度和相关法律法规，对该员工进行处罚，并扣除其当月奖金。但公司应确保处罚的合法性和合理性，避免过度扣除或程序不当而引发的法律风险。
总结与建议：员工违规时，公司可以扣除奖金，但必须严格遵循相关法律法规和公司的规章制度。公司应制定明确的规章制度，确保处罚的合法性和合理性；同时，在扣除奖金时，应遵循比例限制和程序正当原则，并保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。