结论前置：违反劳动纪律的公司人员是否可以扣除绩效，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 如果公司的规章制度中明确规定了违反劳动纪律的具体情形以及相应的处罚措施，包括扣除绩效，且该规章制度已经经过民主程序制定、公示或告知劳动者，那么公司有权依据规章制度对违反劳动纪律的员工扣除绩效。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。

2. 劳动合同约定的角度：

   • 如果劳动合同中明确约定了员工违反劳动纪律时公司可以扣除绩效，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司也有权依据劳动合同约定扣除绩效。
   • 注意点：劳动合同中的约定应当明确、具体，且不得违反法律法规的强制性规定，否则可能被认定为无效条款。

3. 合法性与合理性的角度：

   • 即使公司规章制度或劳动合同中有扣除绩效的规定，公司扣除绩效的行为也必须合法、合理。合法性主要体现在规章制度或劳动合同的制定程序、内容合法；合理性则主要体现在扣除绩效的幅度应当与员工违反劳动纪律的情节、后果相适应，不能过分苛刻或显失公平。
   • 案例参考：在实际操作中，如果公司扣除绩效的幅度过大，或者对轻微违反劳动纪律的员工也采取扣除绩效的处罚措施，可能被认定为不合理或违法，员工有权向劳动争议调解仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

4. 特殊情况的处理：

   • 如果员工违反劳动纪律的行为已经构成严重违反公司规章制度或劳动合同约定的情形，公司除了扣除绩效外，还可能有权解除劳动合同。但在此情况下，公司也必须确保解除劳动合同的行为合法、合理，并遵循相应的程序要求。

建议：

• 对于公司而言，在制定规章制度或劳动合同条款时，应当明确、具体地规定违反劳动纪律的情形及相应的处罚措施，并确保这些规定合法、合理。同时，在执行过程中，公司也应当遵循公平、公正的原则，确保处罚措施的适当性。
• 对于员工而言，如果认为公司扣除绩效的行为不合法或不合理，可以与公司进行沟通协商；如果协商无果，可以向劳动争议调解仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。

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