结论：违反公司规定扣除绩效是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于公司规定的合法性、合理性以及扣除绩效的具体情形。以下从多个角度进行分析：
一、公司规定的合法性
规定内容合法：
- 公司制定的规章制度必须符合国家法律法规的规定，不能违反劳动法、劳动合同法等相关法律法规的强制性规定。
- 如果公司规定中明确列出了扣除绩效的具体情形，且这些情形不违反法律法规，那么公司有权根据规定扣除绩效。
规定制定程序合法：
- 公司规章制度的制定必须经过民主程序，即应当与工会或者职工代表平等协商确定，并告知劳动者。
- 如果公司未按照法定程序制定规章制度，或者规章制度未向劳动者公示，那么该规章制度对劳动者不具有约束力，公司不能依据该规定扣除绩效。
二、扣除绩效的合理性
扣除原因合理：
- 公司扣除绩效必须有合理的原因，如劳动者违反公司规定、工作失误造成损失等。
- 如果公司无正当理由扣除绩效，或者扣除绩效的原因与劳动者的实际工作表现不符，那么公司的行为可能构成违法。
扣除比例合理：
- 即使公司有权扣除绩效，扣除的比例也应当合理，不能过度扣除导致劳动者的劳动报酬低于当地最低工资标准。
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
三、具体情形分析
劳动者轻微违规：
- 如果劳动者只是轻微违反公司规定，且未造成实际损失，公司扣除绩效可能缺乏合理性，构成违法。
劳动者严重违规或造成损失：
- 如果劳动者严重违反公司规定或因工作失误给公司造成损失，公司有权根据规定扣除绩效，但扣除的比例和方式必须合法合理。
公司规定不明确或未公示：
- 如果公司规定中未明确列出扣除绩效的具体情形，或者规定未向劳动者公示，公司不能依据该规定扣除绩效。
四、法律建议
劳动者角度：
- 如果公司扣除绩效，劳动者应首先查看公司规章制度，确认扣除绩效的规定是否合法合理。
- 如果认为公司扣除绩效的行为违法，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
公司角度：
- 公司应制定合法合理的规章制度，并明确列出扣除绩效的具体情形和比例。
- 在扣除绩效前，公司应确保规章制度已经向劳动者公示，并告知劳动者扣除绩效的原因和依据。
- 公司应确保扣除绩效的比例合法合理，避免过度扣除导致劳动者的劳动报酬低于当地最低工资标准。
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