关于“违反公司制度扣绩效是否合法”的问题，我的结论是：这取决于公司制度的合法性、合理性、劳动合同中的具体约定以及扣款后员工工资是否满足法定标准。以下是对此问题的详细分析：
合法的情况
制度合法合规
- 公司规章制度必须依据合法程序制定，即经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知。这是制度合法性的基础，也是扣绩效的前提。
- 制度内容不得违反法律法规的强制性规定。例如，若制度中规定员工严重违规时扣减绩效，需在合理范围内且不违反法律要求，如不能因轻微失误就扣发全部绩效。
合同或制度有明确约定
- 劳动合同或公司规章制度中应明确绩效的发放条件、标准和扣减情形。这是员工和公司之间关于绩效的明确约定，也是扣绩效的直接依据。
- 当员工违反公司制度且符合扣减条件时，公司有权依据约定扣发绩效。
扣款后工资满足法定标准
- 扣发绩效后，员工的工资不得低于当地最低工资标准或劳动合同约定的基本工资。这是保障员工基本生活需要的法律要求。
不合法的情况
制度制定程序不合法
- 若公司规章制度未经民主程序制定，或未向员工公示或告知，则该制度对员工不具有约束力。依据此类制度扣减绩效将构成违法。
制度内容不合理或违法
- 制度中关于扣减绩效的规定若明显不合理（如轻微失误即扣发全部绩效）或违反法律法规（如以怀孕、休产假等理由扣减），将被认定为不合法。
无明确约定
- 若劳动合同和公司规章制度中均未明确绩效的发放条件、扣减情形等，公司随意扣减绩效将缺乏法律依据，构成违法。
扣款后工资低于法定标准
- 扣发绩效后，若员工工资低于当地最低工资标准或劳动合同约定的基本工资，公司将违反劳动法相关规定。
应对措施与建议
员工角度：
- 若认为自己被扣绩效不合理，应先与公司沟通，了解扣款原因和依据。
- 沟通无果后，可保留相关证据（如公司制度、工资条、劳动合同等），通过劳动仲裁或法律途径维权。
公司角度：
- 应确保规章制度的合法性和合理性，明确劳动合同中的相关约定。
- 在扣发绩效前进行充分沟通和解释，以避免不必要的法律纠纷。
- 扣款后应确保员工工资不低于法定标准，以保障员工的基本生活需要。
综上所述，违反公司制度扣绩效的合法性需根据具体情况综合判断。公司在制定和执行相关制度时，应严格遵守法律法规，确保员工权益得到保障。员工在面临此类问题时，也应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。