结论：违反公司纪律是否可以在绩效里扣分，这主要取决于公司规章制度的具体规定以及该规定是否合法合理，不能一概而论。以下从几个方面进行详细分析：

1. 公司规章制度的规定：

   • 如果公司规章制度中明确规定了违反特定纪律可以在绩效中扣分，并且这一规定已经通过民主程序制定、公示或告知了员工，那么公司有权根据这一规定在绩效中扣分。
   • 规章制度应当明确、具体，且不得违反法律法规的强制性规定。例如，规章制度不能规定因员工违反纪律而扣除其全部或大部分工资，这样的规定可能因违反劳动法而无效。

2. 扣分的合法性与合理性：

   • 即使公司规章制度中有相关规定，扣分也必须合法合理。合法性主要指规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定；合理性则指扣分的幅度、方式等应当与员工违反纪律的情节、后果等相适应。
   • 如果扣分幅度过大或方式不合理，可能构成对员工权益的侵害，员工有权依法维权。

3. 绩效管理的目的与原则：

   • 绩效管理的目的是为了激励员工提高工作效率和质量，促进公司的发展。因此，在绩效管理中扣分应当是为了实现这一目的，而不是为了惩罚员工。
   • 扣分应当遵循公平、公正、公开的原则，确保每位员工都受到同等对待。

4. 实际操作中的建议：

   • 完善规章制度：公司应当制定完善、明确的规章制度，明确违反纪律的具体情形、扣分的标准、程序等，并通过民主程序制定、公示或告知员工。
   • 加强沟通与培训：公司应当加强与员工的沟通，确保员工了解规章制度的内容；同时，定期对员工进行培训，提高员工的纪律意识和绩效意识。
   • 依法处理纠纷：如果员工对扣分有异议，公司应当依法处理纠纷，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。

举例说明： 假设某公司规章制度中规定：“员工迟到或早退超过30分钟，每次在绩效中扣1分；旷工半天，每次在绩效中扣3分。”这一规定已经通过民主程序制定并公示给了员工。如果某员工因迟到35分钟而被扣1分，这一扣分就是合法合理的；但如果该员工因迟到而被扣除了全部绩效分数，这一扣分就可能因幅度过大而不合理。

法律背景： 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规的规定，公司有权制定规章制度来管理员工，但规章制度的内容必须合法合理，且不得侵害员工的合法权益。在绩效管理中扣分也应当遵循这一原则。

建议： 如果您作为员工对公司在绩效中扣分有异议，或者您作为公司管理者需要制定或完善相关规章制度，建议咨询专业律师（即我本人，郭君律师，专注于劳动纠纷、公司事务领域），以确保规章制度的合法性和合理性，并依法维护自身权益。