结论：违反公司规章制度是否可以扣工资，需根据具体情况判断。若公司规章制度合法且扣工资行为符合法定条件，则可以扣工资；若公司规章制度不合法或扣工资行为违反法律规定，则不可以扣工资。
一、合法扣工资的情况
规章制度合法：
- 公司的规章制度需经过民主程序制定，如职工代表大会讨论通过，并向劳动者公示，如发放员工手册、组织培训学习等。
- 规章制度中应明确员工违反规定的扣薪标准，且该标准需合理，不得严重损害劳动者权益。例如，因员工疏忽导致公司财产损失，规章制度中可规定按损失的一定比例扣工资，但扣薪比例需合理，且每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
事实认定清楚：
- 公司需有充分证据证明员工确实违反了规章制度，才能依据规定扣工资。例如，公司有监控录像、员工签字确认的违规记录等证据，证明员工存在迟到、早退、旷工等违规行为，且规章制度中明确规定了此类行为的扣薪标准。
二、违法扣工资的情况
规章制度不合法：
- 若规章制度未经民主程序制定或未向劳动者公示，则该规章制度不能作为扣工资的依据。例如，公司单方面制定规章制度，未经过职工代表大会讨论，也未向员工发放员工手册或组织培训学习，员工对规章制度内容不知情，此时公司不能依据该规章制度扣工资。
扣薪标准不合理：
- 即使规章制度制定程序合法，但若扣薪标准过高、不合理，也可能被认定为违法。例如，规章制度中规定员工迟到一次扣工资500元，而员工月工资仅为3000元，此类扣薪标准显然过高，不合理，公司不能依据该标准扣工资。
无证据或证据不足：
- 若公司无法提供充分证据证明员工违规，擅自扣工资则属于违法行为。例如，公司仅凭口头指控员工违规，无任何书面证据或监控录像等证明员工存在违规行为，此时公司不能扣工资。
三、员工权益保护措施
与公司协商：
- 面对不合理的扣罚，员工首先应与公司协商，要求说明扣罚理由和依据。若公司无法提供合法合理解释，员工有权要求全额支付工资及相应利息损失。
向劳动监察部门投诉：
- 协商无果时，员工可向当地劳动监察大队投诉，请求协助处理解决。劳动监察部门有权对公司进行调查，并责令公司限期改正违法行为。
申请劳动仲裁：
- 若问题仍未解决，员工可向当地劳动仲裁机构申请仲裁处理。仲裁裁决具有法律效力，双方均需履行。员工需准备相关证据材料，如工资条、规章制度、违规记录等，以证明公司扣工资行为违法。
提起诉讼：
- 如劳动仲裁生效后公司仍拒绝执行并拒付工资，员工可依法向法院申请强制执行。在诉讼过程中，员工需提供充分证据证明公司扣工资行为违法，并要求公司支付被克扣的工资及相应经济补偿金。
四、公司注意事项
确保规章制度合法：
- 公司在制定涉及职工切身利益的规章制度时，应确保内容合法、程序合法，并经过职工讨论和公示。避免制定过于严苛或不合法的规章制度，以免引发劳动争议。
合理设定扣薪标准：
- 公司的奖惩制度应具有合理性，不得违背法律法规，如最低工资的有关规定等。同时，奖惩制度应明确、具体，便于执行和监督。避免设定过高或不合理的扣薪标准，以免损害员工权益。
保留充分证据：
- 公司在对员工进行扣工资处理时，应保留充分证据证明员工违规及扣工资行为的合法性。如监控录像、员工签字确认的违规记录、工资条等证据材料，以备在劳动争议中提供有力支持。
作为康煜丰律师，我建议公司在处理员工违规行为时，应严格遵守法律法规和规章制度的规定，确保扣工资行为的合法性和合理性。同时，员工在面对不合理的扣罚时，也应积极采取法律措施来维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。