公司在特定且合法的情况下可以扣除员工的绩效奖金。但这一行为必须基于明确的法律依据、符合劳动合同和规章制度的约定，并遵循公平、公正、透明的原则。

可以扣除的情形

1. 劳动合同或规章制度明确规定：

   • 如果员工与公司签订的劳动合同或公司依法制定的规章制度中明确约定了绩效奖金的考核及扣除条件，并且这些条款已经过民主程序制定、内容不违反法律法规、已向员工公示或告知，同时员工也知晓并认可该制度，那么公司可以依据这些规定扣除员工的绩效奖金。例如，员工未完成工作任务、违反工作纪律等，按照既定制度扣减相应绩效工资，这种做法是合法的。

2. 绩效考核制度合法有效：

   • 绩效考核制度必须要经过民主制定程序及公示，且必须要告知员工，并由员工签字确认。同时，对于工资结构中包含绩效工资，必须双方约定一致，公司不能单方面从原有的固定工资中拆分出一部分作为绩效工资。针对员工岗位的具体考核内容也必须合理合法，包括考核的条件、考核标准、考核结果及对应的绩效工资浮动机制。在满足这些条件的前提下，公司可以根据绩效考核结果扣除员工的绩效奖金。

不可以扣除的情形

1. 无合法依据或未按制度执行：

   • 如果公司没有合法有效的绩效考核制度，或者虽有制度但未按制度执行，随意对员工进行罚款扣绩效工资，这种行为是不合法的。例如，公司未提前明确绩效标准，事后随意以各种理由扣减员工绩效奖金，这侵犯了员工的合法权益。

2. 扣减数额不合理：

   • 公司扣减绩效工资的数额也应合理，不能过度扣减导致员工工资低于当地最低工资标准，否则同样违法。

法律依据

• 《工资支付暂行规定》及《对<工资支付暂行规定>有关问题的补充规定》明确指出，用人单位不得克扣劳动者工资，但依法签订的劳动合同中有明确规定的或用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的除外。
• 《北京市工资支付规定》也规定，除法律、法规、规章规定的事项外，用人单位扣除劳动者工资应当符合集体合同、劳动合同的约定或者本单位规章制度的规定。

综上所述，公司在扣除员工绩效奖金时，必须确保有合法的依据和明确的制度规定，并遵循公平、公正、透明的原则。如果员工对公司的扣除行为有异议，可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。