公司违法扣除工资，您有权通过以下途径维护自身合法权益：

1. 与公司协商解决
   首先可尝试与公司人事或财务部门沟通，明确指出扣除工资的违法性（如未提前书面告知、扣除比例超过法定标准等），要求公司补发工资并说明扣除依据。若公司态度强硬，可要求出具书面扣除通知，为后续维权保留证据。

2. 向劳动监察部门投诉
   若协商无果，可向公司所在地的劳动保障监察大队投诉（可通过当地人社局官网查询联系方式）。投诉时需提交以下材料：

   • 劳动合同或劳动关系证明；
     
   • 工资条、银行流水等证明工资被扣除的证据；
     
   • 公司违法扣除工资的书面通知（如有）。
     劳动监察部门会介入调查，若查实公司违法，将责令其限期支付工资，逾期不付可加付赔偿金（《劳动保障监察条例》第26条）。

3. 申请劳动仲裁
   若投诉未解决或公司拒不改正，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁（需在知道权益被侵害之日起1年内提出）。仲裁请求可包括：

   • 要求公司支付被扣工资及25%的经济补偿金（《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第3条）；
     
   • 若因扣工资导致被迫离职，可主张经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
     提示：仲裁无需费用，但需准备充分证据，建议提前咨询律师整理材料。

4. 通过诉讼维权
   若对仲裁结果不服，可在收到裁决书之日起15日内向法院起诉。诉讼程序更严格，但判决具有强制执行力，适合涉及金额较大或公司拒不履行仲裁裁决的情况。

关键提醒：

• 公司违法扣除工资的情形包括：未足额支付劳动报酬、以罚款名义扣工资、扣除比例超过当地最低工资标准的20%等（《工资支付暂行规定》第16条）。
  
• 维权过程中务必保留好劳动合同、工资条、考勤记录等证据，避免口头约定无凭证。
  
• 若公司以“严重失职”等理由扣工资，需由公司举证，您无需自证清白。

如有进一步疑问或需协助准备材料，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细指导。