公司确实可以在一定条件下对员工违纪行为扣发工资，但必须严格遵守法律法规的规定，不能随意扣发。以下从不同角度为你详细分析：
法律依据与原则
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者因提供劳动而获得的报酬，用人单位应当按时足额支付。然而，在员工存在违纪行为时，公司并非完全不能扣发工资，但需遵循以下原则：
- 合法性原则：公司扣发工资必须有明确的法律依据或合同约定，不能违反法律法规的强制性规定。
- 合理性原则：扣发工资的数额应当与员工违纪行为的性质、情节及造成的损失相适应，不能过度扣发。
- 程序正当原则：公司在扣发工资前，应当告知员工违纪事实、扣发依据及数额，并听取员工的陈述和申辩。
具体情形分析
轻微违纪行为：
- 对于轻微违纪行为，如迟到、早退等，公司通常可以通过内部规章制度进行处罚，如警告、罚款等。但罚款数额应合理，且不得超过当月工资的20%，同时需确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。
- 示例：员工因迟到被公司罚款50元，若其当月工资为3000元，则罚款后工资为2950元，仍高于当地最低工资标准，此行为合法。
严重违纪行为：
- 对于严重违纪行为，如旷工、盗窃公司财物等，公司不仅有权扣发工资，还可以根据情节严重程度解除劳动合同。
- 示例：员工连续旷工3天，公司依据内部规章制度扣发其当月全部工资，并解除劳动合同。此行为在符合公司规章制度且规章制度已向员工公示的情况下，是合法的。
造成经济损失的违纪行为：
- 若员工违纪行为给公司造成经济损失，公司有权要求员工赔偿。赔偿方式可以是从工资中扣除，但扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 计算公式：若员工当月工资为W，需赔偿金额为S，则实际扣发工资数额为min(S, 0.2W)，且W - min(S, 0.2W) ≥ 当地最低工资标准。
- 示例：员工因疏忽导致公司损失1000元，其当月工资为4000元。则公司最多可扣发800元（0.2 * 4000），实际支付工资为3200元。
注意事项与建议
- 完善内部规章制度：公司应制定完善的内部规章制度，明确违纪行为的种类、处罚措施及扣发工资的标准和程序。
- 确保规章制度合法有效：规章制度需经民主程序制定，并向员工公示或告知，确保员工知晓并同意。
- 及时沟通与记录：在扣发工资前，公司应与员工进行沟通，告知违纪事实、扣发依据及数额，并记录沟通过程，以备后续争议解决之需。
- 寻求法律帮助：若公司在处理员工违纪行为时遇到法律难题或争议，建议及时咨询专业律师，以确保处理方式的合法性和合理性。
总之，公司在对员工违纪行为扣发工资时，必须严格遵守法律法规的规定，确保扣发行为的合法性、合理性和程序正当性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。