结论前置：公司因员工违反公司规定而扣工资是否合法，需根据具体情况判断。关键在于公司的规章制度是否合法制定、内容是否合理、是否有充分证据支持，以及扣罚行为是否符合法律规定。以下是对此问题的详细分析：
合法扣工资的情况
规章制度合法有效：
- 制定程序合法：公司规章制度需通过民主程序制定，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，需向劳动者公示，确保员工知晓。例如，公司可以通过内部公告、邮件或员工手册等方式进行公示。
- 内容合理合法：规章制度内容不得违反法律法规的强制性规定，扣罚幅度需在合理范围内，不得严重损害劳动者的基本权益。比如，规章制度中可以规定员工旷工一天扣除当天工资的合理比例，但不能规定扣除当月全部工资。
证据充分：公司需有充分证据证明员工确实违反了相关规定，如监控录像、书面违规报告、员工承认记录等。这些证据应能够清晰、准确地反映员工的违规行为。
经济损失赔偿：若员工因个人原因给公司造成经济损失，公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条，从员工工资中扣除赔偿，但扣除部分不得超过当月工资的20%，且剩余部分不得低于当地最低工资标准。例如，员工因疏忽导致公司财产损失，公司可以根据实际损失情况，在合法范围内从员工工资中扣除相应赔偿。
不合法扣工资的情况
规章制度违法：
- 如规章制度未按照法定程序制定，或与法律法规相抵触，如规定迟到一次扣当月工资的一半等不合理且违法的条款，则扣工资行为不合法。这种情况下，员工有权拒绝公司的扣工资要求，并可以向劳动监察部门投诉。
缺乏证据：
- 公司声称员工违反规定，但无法提供充分有效的证据来证明，此时扣工资行为不合法。公司不能仅凭口头指控或主观臆断就扣除员工工资，必须提供确凿的证据支持其扣工资的决定。
扣除工资不合理或超出法定范围：
- 即使员工违反了公司规定，但如果公司扣除的工资数额明显不合理，或者扣除比例超过了法定的每月不超过当月工资20%的标准，也是不合法的。例如，员工仅轻微违反考勤制度，公司却扣除其当月一半的工资，这显然是不合理且不合法的。
违反法律强制性规定：
- 如果公司的扣工资行为违反了法律法规的强制性规定，如扣除后的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣工资行为也是不合法的。公司必须确保扣除工资后的员工工资不低于当地最低工资标准。
员工权益保护建议
如果员工认为公司扣工资的行为不合法，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
- 首先与公司进行协商解决，尝试通过沟通达成共识；
- 协商不成时，可以向劳动监察部门投诉，寻求政府部门的帮助；
- 也可以申请劳动仲裁来寻求法律救济，通过法律途径维护自己的权益。
总结：公司因员工违反公司规定而扣工资是否合法，需根据具体情况判断。公司应确保规章制度的合法性、合理性及公示性，并在扣除工资时严格遵守相关法律法规的规定。员工则应了解自己的权益，并在必要时采取适当措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。