关于违反纪律扣绩效工资是否合法的问题，需分情况讨论，具体如下：
合法扣除的情况
- 有明确且合理的考核制度：若用人单位制定了明确、合理且经过民主程序制定的绩效考核制度，并向劳动者公示或告知，该制度详细规定了绩效工资的考核标准、发放方式及扣除情形（如违反纪律的具体情形及对应扣减标准）。在此情况下，若劳动者因违反纪律未达到相应绩效标准，用人单位按制度扣减绩效工资是合法的。
- 符合劳动合同约定：若劳动合同中明确约定了绩效工资的发放条件、标准和方式，且包含因违反纪律可扣除绩效工资的条款，劳动者未满足约定的绩效发放条件（如因违反纪律导致绩效不达标），用人单位有权按照合同约定扣除绩效工资，且不违反劳动法规定。
- 经济损失赔偿的合理扣除：当劳动者因故意或重大过失违反纪律给用人单位造成经济损失时，用人单位可按照劳动合同约定要求劳动者赔偿。赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
非法扣除的情况
- 缺乏明确依据：若劳动合同和规章制度中均无关于因违反纪律扣除绩效工资的明确规定，用人单位随意以违反纪律为由扣除劳动者工资，则此行为违法。
- 考核标准不合理或不透明：若绩效考核标准过于苛刻、不合理或在考核过程中缺乏透明度，导致劳动者无法通过正常努力达到标准而被扣除绩效工资（如违反纪律的认定标准模糊或随意扩大），则此扣除行为可能违法。
- 恶意扣减或以绩效之名惩罚：用人单位不得以扣除绩效工资作为对劳动者的惩罚手段。例如，因员工迟到或请假等非严重违反纪律的原因而大幅扣除绩效工资，此行为违法。
- 制度存在漏洞或显失公平：若绩效考核制度本身存在重大漏洞、显失公平或未经民主程序制定、未向员工公示等，则依据该制度因违反纪律扣除绩效工资的行为可能违法。
- 扣除后低于最低工资标准：即使用人单位有合理的绩效考核制度和扣除理由，但若扣除绩效工资后员工的工资低于当地最低工资标准，则此扣除行为违法。
维权建议：
若劳动者认为用人单位因违反纪律扣除绩效工资的行为不合法，可采取以下措施维护自身权益：
- 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，要求说明扣除理由并提供依据，明确违反纪律的具体事实及扣除绩效工资的合法性。
- 投诉举报：若协商无果，可向当地劳动行政部门投诉举报，由劳动行政部门对用人单位的违法行为进行调查处理。
- 申请仲裁：依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁，提交相关证据（如劳动合同、绩效考核制度、工资条等）证明用人单位扣除绩效工资的行为违法。
- 提起诉讼：对仲裁裁决不服的，可向人民法院提起诉讼，通过司法程序维护自身合法权益。
总结：违反纪律扣绩效工资是否合法，需综合考虑是否有明确且合理的考核制度、是否符合劳动合同约定、是否遵循法定程序及扣除后工资是否不低于最低工资标准等因素。劳动者在面对此类问题时，应充分了解自身权益和法律规定，并依法采取适当措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。