扣员工工时在大多数情况下是不合法的，但也有一些特定情形下用人单位可以依法调整员工的工作时间或扣除相应的工时。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下扣员工工时不合法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。
- 第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“工资”包括计时工资，而工时与工资直接相关。若用人单位无故扣除工时，实际上也间接影响了劳动者的工资收入。
法律后果：
- 如果用人单位违法扣除员工的工时，可能面临劳动行政部门的处罚，如责令限期支付工资报酬，逾期不支付的将受到加付赔偿金的处罚。
- 劳动者还有权要求用人单位补足被克扣的工时和对应的工资报酬，并可能主张经济赔偿金。
二、合法扣除工时的情形
虽然一般情况下扣员工工时不合法，但在以下特定情形下，用人单位可以依法调整员工的工作时间或扣除相应的工时：
法定事由：
- 如因自然灾害、战争等不可抗力原因导致无法正常工作，或法律、法规规定的其他情形，用人单位可以依法调整员工的工作时间。
规章制度约定：
- 用人单位的规章制度中明确规定了某些情况下可以扣除工时，且该规章制度经过民主程序制定并已向劳动者公示。例如，员工因违反公司规定或未完成工作任务，根据规章制度可以扣除一定工时作为惩罚或补偿。
协商一致：
- 用人单位与劳动者就调整工作时间或扣除工时达成一致意见，且不违反法律法规的强制性规定。这种情况下，双方可以通过协商来达成共识，并签订书面协议以明确各自的权利和义务。
劳动者过错：
- 如劳动者因个人原因（如迟到、早退、旷工等）未能完成工作任务，用人单位可以根据规章制度扣除相应的工时。但需注意，这种扣除必须合理且有据可依，不能随意进行。例如，员工迟到半小时，用人单位可以根据规章制度扣除其半小时的工时或相应的工资。
三、建议与提醒
- 对于用人单位：应严格遵守法律法规，不得随意扣除员工工时。如需调整员工工作时间或扣除工时，应确保有合法依据并经过合法程序。
- 对于劳动者：如遇到用人单位违法扣除工时的情况，应及时向劳动行政部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。