关于“扣加班时间是否合法”的问题，结论需分情况讨论：

1. 若用人单位未经劳动者同意，单方面扣除加班时间且不支付加班费或未安排补休，则不合法。

   • 法律背景：根据《劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者延长工作时间、休息日或法定休假日工作的，应支付相应的加班费或安排补休。具体标准为：延长工作时间支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。
   • 法律后果：若用人单位违法扣除加班时间，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付加班费及可能的赔偿金。

2. 若用人单位与劳动者协商一致，将加班时间用于后续调休，且符合相关法律规定，则合法。

   • 法律背景：对于休息日加班，用人单位可以优先安排劳动者调休，这是单位的法定义务，劳动者应服从单位的调休安排。对于工作日延时加班，法律并未禁止用人单位进行调休，但需在工作时间的规章制度中进行规定，且该部分规章制度须经法定的民主程序、公示程序等，确保其合法有效。
   • 操作建议：用人单位在与劳动者协商调休时，应明确调休的时间、方式等，并保留相关书面记录，以避免后续纠纷。

3. 若用人单位以“扣加班时间”为名，实际是减少劳动者应得的加班费或未按照法律规定支付加班费，则不合法。

   • 法律背景：用人单位不得以任何形式克扣或拖欠劳动者的加班费。加班费是劳动者因加班而应得的劳动报酬，用人单位必须按照法律规定支付。
   • 法律后果：若用人单位存在此类行为，劳动者同样有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的加班费及可能的赔偿金。

进一步思考与建议：

• 保留证据：劳动者在遭遇用人单位扣加班时间的情况时，应保留好相关证据，如加班记录、工资条、与用人单位的沟通记录等，以便在后续维权时使用。
• 及时维权：若劳动者认为用人单位的行为侵犯了自己的合法权益，应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以免超过时效期间而丧失维权机会。
• 咨询专业律师：虽然我在此提供了基本的法律分析和建议，但每个具体案件的情况都有所不同。若劳动者在维权过程中遇到复杂问题或需要更具体的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律意见。