扣加班费是否合法，需分情况讨论：
若用人单位与劳动者有明确约定加班费支付标准，且该标准不低于法定最低标准，用人单位按约定扣除（实际应为未支付或支付不足的情况，这里理解为未足额支付时的“扣除”效果，即未给够）加班费则不合法：
- 根据《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 若用人单位与劳动者约定的加班费支付标准低于上述法定标准，或者未按照约定支付加班费，均属于违法行为。劳动者有权要求用人单位按照法定标准或约定标准支付加班费，并可以通过劳动争议调解仲裁机构或人民法院进行维权。
若用人单位以非法定的理由扣除劳动者已获得的加班费，则肯定不合法：
- 加班费是劳动者因加班而应得的劳动报酬，用人单位无权以非法定的理由（如员工迟到、工作失误等非加班相关原因）扣除。
- 如果用人单位确实因劳动者违反公司规章制度或造成经济损失等原因需要扣除工资，应依据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，在劳动者工资中扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。但这一规定并不适用于加班费的扣除，加班费应单独计算并支付。
特殊情况下的“扣除”：
- 在某些特殊情况下，如劳动者与用人单位就加班费支付存在争议，且双方同意通过协商、调解或仲裁等方式解决时，可能会暂时“扣除”部分加班费作为争议解决的保证金或待解决事项。但这种情况应基于双方的自愿和合法协议，且最终应按照协议或裁决结果进行处理。
法律建议：
- 劳动者应保留好与加班相关的证据，如加班记录、工资条等，以便在发生争议时维护自己的权益。
- 若用人单位存在未支付或未足额支付加班费的情况，劳动者可以先与用人单位进行协商，要求支付加班费；协商不成的，可以向当地劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁；对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
- 用人单位应严格遵守相关法律法规，按时足额支付劳动者的加班费，避免因此引发劳动争议和法律风险。
可能法律后果：
- 若用人单位未支付或未足额支付加班费，劳动者有权要求用人单位支付加班费及相应的经济补偿金。
- 在严重情况下，用人单位还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
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