结论前置：公司克扣员工加班费是不合法的，员工有权依法维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
加班报酬的明确规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日工作且不能安排补休、以及法定休假日工作时，需按照法定标准支付高于正常工作时间的工资报酬。具体标准为：延长工作时间支付不低于工资的150%，休息日工作支付不低于工资的200%（若不能安排补休），法定休假日工作支付不低于工资的300%。
禁止克扣工资的原则：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。加班费作为工资的一部分，公司克扣加班费即违反了此条规定。
规章制度的合法性要求：
- 依据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动报酬等直接关乎劳动者切身利益的规章制度时，应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若公司擅自克扣加班费，其相关制度可能因违法而无效。
二、克扣加班费的法律后果
行政责任：
- 根据《劳动保障监察条例》等相关规定，公司克扣加班费将面临劳动保障行政部门的责令限期支付，并可能承担应付金额50%至1倍的赔偿金。
民事责任：
- 若因克扣加班费导致劳动者解除劳动合同，公司还需支付经济补偿金。同时，逾期不支付加班费，还将按应付金额的50%至100%加付赔偿金。
三、劳动者如何维权
友好协商：
- 首先尝试与公司沟通，要求补发被克扣的加班费。这是解决纠纷最快捷的方式，也有助于维护良好的劳动关系。
正式投诉：
- 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门将依法进行调查处理，并可能对公司进行行政处罚。
申请仲裁：
- 准备好加班记录、工资条、考勤记录等证据，向劳动争议仲裁委员会提起仲裁。仲裁委员会将依法进行裁决，维护劳动者的合法权益。
提起诉讼：
- 对仲裁结果不满时，劳动者有权向人民法院提起诉讼。通过司法途径寻求最终解决方案，确保自己的权益得到充分保障。
四、维权过程中的注意事项
保留证据：加班审批表、考勤记录、工作邮件、聊天记录等，都是证明加班事实的关键证据。务必妥善保存，以便在维权过程中使用。
了解法律：劳动者应熟悉相关法律法规，明确自己的权利和义务。这样在权益受损时，才能迅速做出反应，采取合适的维权措施。
积极行动：面对权益侵害，劳动者应保持冷静，及时采取合法手段维权。避免拖延导致证据灭失或权益进一步受损。
总结：公司克扣员工加班费是违法的，劳动者不仅有权要求补发，还可以通过多种法律途径维护自己的合法权益。在维权过程中，保留好证据、了解法律规定并积极采取行动是至关重要的。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。