结论前置：员工请假扣加班小时是否合法，需根据具体情况判断。在一般情况下，由于加班费与请假无直接联系，用人单位不能因员工请假而扣除其加班小时对应的加班费。但在特殊情况下，如果双方有明确的约定或用人单位的规章制度有相关规定，并且符合法律法规的要求，那么请假扣加班小时可能在一定程度上被认定为合法。

一、一般情况下的不合法性

加班费是员工在非正常工作时间（如晚上、周末或节假日）为公司提供服务时所应获得的额外报酬，是对员工牺牲个人休息时间的一种补偿，属于员工的合法收入。而请假是员工因个人原因暂时离开工作岗位的行为，与加班费无直接联系。因此，在一般情况下，用人单位不能因为员工请假而扣除其应得的加班费。这是因为加班费是员工额外劳动的报酬，与请假行为无关，扣除加班费或加班小时将侵犯员工的合法权益。

二、特殊情况下的合法性分析

尽管原则上请假扣加班小时是不合法的，但在某些特殊情况下，如果双方有明确的约定，或者用人单位的规章制度有相关规定，并且这些约定或规定符合法律法规的要求（如经过民主程序制定、向劳动者公示或告知等），那么请假扣加班小时可能在一定程度上被认定为合法。具体情形包括：

1. 符合规章制度且经过民主程序制定：若公司的规章制度明确规定请假可以抵扣加班小时，并且该制度已经过民主程序制定并向劳动者公示或告知，那么在符合规定的情况下，这种扣除可能是合法的。但需要注意的是，这种扣除必须合理且不得侵犯员工的合法权益。

2. 与劳动者有事先约定：如果用人单位与劳动者在劳动合同或其他书面协议中事先约定了请假可以扣加班小时的情形，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定执行也是合法的。但同样，这种约定必须合理且不得损害员工的利益。

三、不合法情况及其法律后果

在以下情况下，请假扣加班小时将被认定为不合法：

1. 规章制度违法或未经法定程序制定：如果用人单位的规章制度本身存在违法条款，或者规章制度的制定没有经过民主程序，也没有向劳动者公示或告知，那么依据这样的规章制度扣除加班小时是不合法的。

2. 扣除行为显失公平或不合理：用人单位随意扣除劳动者的加班小时来抵请假时间，或者扣除的比例明显不合理，对劳动者显失公平，这种扣除行为也是不合法的。

3. 违反劳动法律法规的其他情形：如果扣除加班小时导致劳动者的工资待遇低于法定标准，或者影响了劳动者依法享有的其他权益，那么这种扣除行为同样是不合法的。

对于不合法的请假扣加班小时行为，劳动者有权向劳动行政部门投诉，要求用人单位支付被扣除的加班费，并可能获得相应的赔偿。同时，用人单位还可能面临劳动行政部门的警告、责令改正等法律后果。

四、建议与措施

对于员工而言，如果遭遇用人单位不合理地扣除加班小时或加班费，应先与公司进行沟通协商；若无法解决问题，可以考虑向当地的劳动监察部门投诉或者寻求法律援助来维护自己的合法权益。而用人单位则应确保规章制度的合法性和合理性，避免将加班费与请假扣款混同处理，以免引发不必要的法律纠纷。

综上所述，请假扣加班小时的合法性需根据具体情况进行判断。在大多数情况下，这种扣除行为是不合法的。因此，无论是员工还是用人单位，都应明确加班费和请假扣款的性质区别，并遵守相关法律法规和规章制度。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。