员工请假一天扣加班双倍工资是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律层面

1. 基本法规：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
   • 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也明确规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
   • 《工资支付暂行规定》第十五条进一步强调，用人单位不得克扣劳动者工资，除非符合法定允许扣除的情形，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用等。请假一天扣双倍工资显然不属于这些法定允许扣除的范围。

2. 法定允许扣除的情形：

   • 除了上述提到的代扣代缴个人所得税、社会保险费用等，法律还规定了其他几种允许扣除的情形，如法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。但请假一天扣双倍工资并不属于这些情形之一。

3. 经济损失赔偿的限制：

   • 如果劳动者的请假行为给用人单位造成了直接经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿经济损失。但根据《工资支付暂行规定》第十六条，这种赔偿需要通过合法的途径和程序进行，且扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，即使劳动者请假给用人单位造成了损失，也不能直接扣除双倍工资作为赔偿。

二、工资计算逻辑

1. 基本原理：

   • 劳动者的工资是基于其提供的劳动量来计算的。当劳动者请假时，用人单位可以按照请假的天数扣除相应的工资，即扣除当天的工资。但扣除的金额应当合理，不能超出劳动者当天应得的工资数额。

2. 具体计算示例：

   • 假设某员工月工资为6000元，每月计薪天数按照21.75天计算，那么日工资约为275.86元（6000÷21.75）。如果该员工请假一天，用人单位扣除275.86元工资是合理的；若扣除双倍即551.72元，则超出了合理范围，损害了劳动者获得劳动报酬的权利。

三、特殊情况分析

1. 请假类型：

   • 如果是病假、婚假、产假等法定假期，用人单位不仅不能扣工资，还需照常发放。因为这些假期是劳动者依法享有的权利，用人单位应当予以保障。
   • 事假则可以由用人单位根据劳动合同或公司规章制度进行合理安排，但也不能违反法律法规。即使公司规章制度中有关于事假扣款的规定，也应当合理且合法，不能超出法定范围。

2. 公司规定与合同约定：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中有关于请假扣款的特别规定，并且这些规定不违反相关法律法规，那么用人单位可以依据这些规定进行扣款。但即便如此，扣款金额也不应超出合理范围。例如，不能规定请假一天就扣除双倍工资等明显不合理的条款。

四、应对措施与建议

1. 与用人单位沟通协商：

   • 如果劳动者认为自己的工资被不合理扣除，可以首先与用人单位进行沟通协商，了解扣款的具体原因和依据，并请求补发被不合理扣除的工资。

2. 向劳动监察部门投诉举报：

   • 如果协商无果，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉举报用人单位的违法行为。劳动监察部门将会对用人单位进行调查处理，并维护劳动者的合法权益。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：

   • 作为更进一步的措施，劳动者还可以申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径解决纠纷。在仲裁或诉讼过程中，劳动者需要提供相关证据证明自己的工资被不合理扣除，并请求仲裁机构或法院作出公正裁决。

综上所述，员工请假一天扣加班双倍工资是不合法的行为。用人单位应遵守相关法律法规，合理制定工资支付和请假扣款制度，确保劳动者的合法权益得到保障。如果你遇到类似问题或有其他法律疑问，可以直接向我咨询。