请假扣加班工资在大多数情况下是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：

加班工资的性质与支付标准

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者加班的，必须按照法定标准支付高于正常工作时间工资的工资报酬。具体标准如下：

1. 延长工作时间：支付不低于工资的150%的工资报酬。
2. 休息日工作且不能安排补休：支付不低于工资的200%的工资报酬。
3. 法定休假日工作：支付不低于工资的300%的工资报酬。

这些规定明确了加班工资是对劳动者额外劳动付出的法定补偿，具有强制性和独立性。加班工资是劳动者在超出正常工作时间后，为公司提供额外劳动所应获得的报酬，是对其牺牲个人休息时间的一种补偿。

请假的性质与相关规定

请假是劳动者依法享有的权利，包括病假、事假、年假等，是基于劳动者的生理需求、家庭事务等合理原因而设定的。请假期间，用人单位通常不支付或仅支付部分工资，这是基于劳动者未提供正常劳动的事实。请假与加班在性质上截然不同，前者是劳动者的休息权，后者是劳动者的额外劳动付出。因此，两者不能相互混淆和抵扣。

不合法的原因分析

1. 混淆概念：将加班工资与请假相互抵扣，实际上混淆了加班补偿与请假休息的两个不同法律概念。加班工资是对劳动者超出正常工作时间工作的补偿，而请假是劳动者依法享有的休息或处理个人事务的权利。
2. 损害权益：这种规定可能导致劳动者实际获得的加班工资减少，无法得到法律规定的足额补偿。这不仅违反了《劳动法》关于加班工资支付标准的强制性规定，也侵犯了劳动者获得劳动报酬的权利。

特殊情况下的约定

尽管一般情况下请假不能抵扣加班工资，但如果用人单位与劳动者在劳动合同中有明确且合法的约定，并且该约定经过了双方平等协商一致，同时不违反法律法规的强制性规定，那么在约定范围内可能具有一定的合理性。然而，这种约定仍然不能违反法律对加班工资支付标准的底线规定。例如，如果用人单位的规章制度明确规定，在劳动者长期请假且影响了整体工作绩效或项目进度的情况下，可以合理调整薪酬待遇，并且该规章制度经过了民主程序制定并向劳动者公示，那么在符合规定情形时扣减部分薪酬可能会被认为具有一定合理性。但这种情况下需要严格符合法律规定的条件，且扣款金额应合理合法。

法律后果与建议

如果用人单位违法扣除加班工资，劳动者有权向当地劳动监察部门举报或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动监察部门或劳动仲裁机构在查明事实后，会责令用人单位支付被扣除的加班工资，并可能对用人单位处以相应的罚款。

建议：

• 劳动者：如果遭遇用人单位不合理地扣除加班工资，应先与公司进行沟通协商；若无法解决问题，可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
• 用人单位：应严格遵守《劳动法》的相关规定，确保劳动者的合法权益得到充分保障。避免将加班工资与请假扣款混同处理，以免引发不必要的法律纠纷。

综上所述，请假扣加班工资在大多数情况下是不合法的。如果你在这方面遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。