请病假扣加班工资是否合法，需分情况讨论，结论是：只有在符合法定标准、企业内部规章制度或劳动合同约定的情况下，扣减才合法；否则，不合法。以下是对此问题的详细分析：
合法扣减情况
符合法定标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，职工在患病或非因工负伤治疗期间，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。这一费用可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。若企业按照这一标准扣减病假期间的工资（注意，这里并非直接扣减加班工资，而是在病假期间按法定标准支付工资，可能低于正常工资水平），则是合法的。但需明确，加班工资是劳动者在正常工作时间之外提供劳动所获得的报酬，与病假工资性质不同，通常不应直接扣减。若问题中的“扣加班工资”实指因病假导致无法获得加班工资，则这属于正常情况，因为病假期间劳动者未提供加班劳动。
企业内部规章制度：
- 若单位依法制定的规章制度中明确规定了请病假期间的工资支付标准（包括可能涉及的加班工资处理），且该标准不低于当地最低工资标准的80%，同时规章制度的制定经过了民主程序并向劳动者公示，那么企业按照规章制度执行是合法的。但同样需注意，规章制度中不应直接规定扣减加班工资，而应明确病假期间的工资支付方式。
劳动合同或集体合同约定：
- 如果劳动合同或集体合同中有关于病假期间工资支付的明确约定，且约定标准高于法定标准或企业内部规章制度标准，企业应当按照约定执行。此时的“扣减”（实为按约定支付）行为也是合法的。但约定中同样不应涉及直接扣减加班工资的内容。
不合法扣减情况
低于法定标准：
- 如果企业扣减病假期间的工资（或未按约定支付加班工资等）低于当地最低工资标准的80%，则这种行为是不合法的。
无规章制度或未公示：
- 如果单位没有相关规章制度，或者规章制度的制定未经过民主程序且未向劳动者公示，就随意扣发病假期间的工资（包括可能涉及的加班工资部分），这也是违法的。
违反劳动合同或集体合同：
- 如果企业违反劳动合同或集体合同中关于病假期间工资支付的明确约定，扣减病假期间的工资（或未按约定处理加班工资），则同样是不合法的。
无故克扣工资：
- 如果员工请病假期间，公司未按照法律法规或劳动合同约定支付工资（包括正常工资和可能的加班工资部分），而是无故克扣员工应得的工资，这种行为也是不合法的。
应对措施与建议
- 与用人单位协商：劳动者在认为用人单位扣病假工资（或处理加班工资）行为违法时，首先应与用人单位协商沟通，要求其按照规定支付工资。
- 向劳动监察部门投诉：若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，寻求行政部门的帮助。
- 申请劳动仲裁：劳动者还可以选择申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
- 保留证据：在整个过程中，劳动者应保留好相关证据，如劳动合同、规章制度、工资条、病假证明等，以便在需要时提供有力的支持。
总结来看，请病假扣加班工资的问题需结合具体情况判断。一般来说，加班工资与病假工资性质不同，不应直接扣减。若遇到不合法扣减情况，劳动者应积极采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。