结论：平时请假扣周末工时是否合法，主要取决于劳动合同的具体约定、公司规定的合理性以及是否违反法律法规的强制性规定。在大多数情况下，未经劳动者同意随意扣除周末工时是不合法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、从工时制度角度分析
标准工时制：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。周末通常是劳动者的法定休息日，与正常工作日的工时是独立的，不能因平时请假就扣除周末工时。
其他工时制（如不定时工作制或综合计算工时工作制）：
- 即使采用这些特殊工时制，用人单位也需按照相应规定和审批程序进行管理，不能随意将周末工时与平时请假关联扣除。
二、从请假制度角度分析
事假：
- 劳动者因个人原因请假时，用人单位可依据规章制度进行审批和管理，但不得将请假与其他不相关工时进行不合理抵扣。员工履行了请假手续后，用人单位扣除周末工时作为惩罚或补偿是无法律依据的。
病假：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，劳动者因病需要停止工作治病休息时，用人单位应给予医疗期并支付病假工资。在这种情况下，更不能扣除周末工时。
三、合法与不合法情况的具体分析
合法情况：
- 劳动合同明确约定：如果劳动合同中明确规定了请假扣除工时的方式，且不违反法律法规，则这种扣除方式合法。但这种情况较为少见，且需确保约定内容合法合理。
- 公司规定合理且经劳动者同意：公司规章制度中有相关规定，且该规定合理、公平，不损害劳动者权益，并经过劳动者同意或公示，也可能被视为合法。但规章制度需严格遵守法律法规，不得侵犯劳动者合法权益。
不合法情况：
- 劳动合同未约定或约定不明确：若劳动合同无相关约定或公司规定不合理、不公平，则扣除周末工时可能不合法。
- 违反法律法规：任何扣除行为都不能违反法律法规，如扣除周末工资可能构成对劳动者合法权益的侵害。例如，若扣除周末工时导致劳动者实际工作时间超过法定标准，且未支付相应加班工资，则属于违法行为。
四、劳动者权益保护建议
- 仔细阅读劳动合同和公司规章制度：劳动者应了解自己的权益和义务，特别是关于请假和工时扣除的规定。
- 及时与用人单位沟通：若对扣除周末工时有异议，应及时与用人单位沟通，表达自己的意愿和诉求。
- 寻求法律帮助：如果认为自身权益受到侵害，可通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径维权。同时可向劳动监察部门投诉，寻求帮助和支持。
总结：平时请假扣周末工时的合法性需综合考虑劳动合同约定、公司规定的合理性以及法律法规的强制性规定。劳动者应仔细阅读相关条款和规定，了解自己的权益和义务，并在必要时寻求法律帮助以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。