周末加班扣加班时长是否违法，需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的分析：

合法情况

1. 协商一致并依法补偿：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，如果用人单位与劳动者协商一致，安排劳动者在周末加班，并且依法支付了不低于工资百分之二百的工资报酬，或者安排了补休，那么这种加班行为是合法的。在这种情况下，扣减加班时长（如通过调休方式）并不违法，因为劳动者已经获得了相应的经济补偿或休息时间。

2. 特殊情况下的加班：

   • 在某些特殊情况下，如发生自然灾害、事故或者因其他原因威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理时，用人单位安排劳动者加班可能不受协商程序限制。但即便如此，用人单位仍需依法支付加班费或安排补休。

违法情况

1. 未经协商强制加班：

   • 如果用人单位未经与劳动者协商，强制要求劳动者在周末加班，并且不支付加班费也不安排补休，那么这种行为违反了《中华人民共和国劳动法》。在这种情况下，扣减加班时长（未给予相应补偿）显然是违法的。

2. 超时长加班：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。如果周末加班时长超出了这一限制，并且未依法支付加班费或安排补休，那么这种行为也是违法的。

法律建议

• 劳动者应了解自身权益：劳动者有权拒绝未经协商的强制加班，并有权要求用人单位依法支付加班费或安排补休。
• 保留证据并维权：如果劳动者遇到用人单位违法安排周末加班的情况，应保留相关证据（如考勤记录、加班通知等），并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身合法权益。

总结来看，周末加班扣加班时长是否违法，关键在于是否遵循了协商程序、加班时长是否合规以及是否依法支付了报酬或安排了调休。如果用人单位违反了这些规定，那么扣减加班时长的行为就是违法的。劳动者在遇到此类情况时，应积极维护自己的合法权益。