结论：请假扣周末加班工资是否违法，需根据具体情况判断，主要看公司的规章制度是否合法合理以及是否与劳动合同或集体合同相冲突。

分析：

1. 公司规章制度合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司有权制定规章制度，但这些规章制度必须合法、合理，并且不能与劳动合同或集体合同相冲突。
   • 如果公司的规章制度中明确规定了请假会扣除周末加班工资，且这一规定不违反法律法规的强制性规定，同时也不存在显失公平或不合理的情况，那么该规定可能是有效的。但这种情况较为少见，因为通常加班工资是员工额外工作的报酬，不应因请假而被扣除。

2. 劳动合同与集体合同：

   • 如果劳动合同或集体合同中明确规定了加班工资的支付方式和条件，以及请假的处理方式，那么应优先遵循这些合同的规定。
   • 如果合同中没有相关规定，或者规定与公司的规章制度相冲突，那么应依据法律法规和公平原则来判断。

3. 加班工资的性质：

   • 加班工资是员工在正常工作时间之外工作所应得的额外报酬，它是对员工额外劳动的补偿。
   • 因此，除非有特别约定或法律法规另有规定，否则请假通常不应成为扣除加班工资的理由。

4. 实际操作中的常见情况：

   • 在实际操作中，很多公司并不会因为员工请假而扣除其周末加班工资。因为这样做可能会引发员工的不满和纠纷，也不利于公司的团队建设和员工激励。
   • 如果公司确实存在这样的规定，并且员工认为这一规定不合理或违法，员工可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁等方式来维护自己的权益。

建议：

• 如果你遇到了请假被扣周末加班工资的情况，首先应查看公司的规章制度和劳动合同中的相关规定。
• 如果认为公司的做法不合理或违法，可以与公司进行协商，要求公司按照法律法规和合同规定支付加班工资。
• 如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司的做法确实违法，那么公司可能需要支付拖欠的加班工资，并可能面临劳动监察部门的处罚。
• 如果员工通过法律途径维权成功，还可能获得一定的经济补偿或赔偿。

总之，请假扣周末加班工资是否违法需根据具体情况判断。如果你对此有疑问或遇到了相关问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。