员工请假时，公司用周末抵扣是否合法，需根据具体情况判断。若公司确保员工每周至少休息一天，且调休安排符合劳动法规，则可能合法；但若损害员工加班调休或加班工资的权益，则为不合法。以下从不同角度详细分析：
一、周末的法律地位与调休原则
周末是劳动者的法定休息日，根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。在计算工资时，周末的工资是劳动者应得的合法权益，不应因请假而被直接扣除。公司在对工作时间和休假进行统筹安排时，需遵守劳动法规，确保调休安排合理且合法。
二、正常工作日请假与周末调休抵扣
合法性分析：
- 如果员工请的是普通事假等正常工作日的假期，公司安排在后续周末进行调休抵扣，同时确保员工每周至少休息一天，并支付正常工作时间的工资，这种做法通常是合法的。这属于公司对工作时间和休假的合理统筹安排。
- 但如果公司过度利用调休来抵扣员工请假，导致员工实际休息时间不足或工资受损，则可能构成违法。例如，员工因病请假，公司却扣除周末工时作为惩罚或补偿，这是无法律依据的。
操作建议：
- 公司在实施调休抵扣时，应明确告知员工调休的具体安排，并确保调休后员工的休息时间符合法律规定。
- 员工在接受调休安排时，也应了解自己的权益，避免被不合理地剥夺休息时间。
三、周末加班与请假抵扣的特殊情况
平时加班与周末加班：
- 平时加点（即工作日延长工作时间）不能用调休替代加班费，必须支付不低于工资150%的加班工资。
- 周末加班可以安排调休，但如果公司将员工原本应得的周末加班调休用来抵扣请假，则损害了员工的权益，属于不合法行为。例如，员工周末加班后，公司应安排调休或支付加班费，而不能将调休机会用于抵扣员工其他时间的请假。
法定节假日加班：
- 法定节假日加班不能用调休抵扣，必须支付不低于工资300%的加班工资。若公司将法定节假日加班的调休用于抵扣员工请假，则严重违反了劳动法律法规。
四、劳动合同与公司规章制度的影响
劳动合同约定：
- 劳动合同是双方协商一致的结果，若合同中明确约定了请假可用加班抵扣的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则该约定对双方具有约束力。但这种情况较为少见，且需严格审查条款的合法性。
公司规章制度：
- 公司有权制定内部规章制度，包括考勤管理、加班及请假制度等。但规章制度必须经过民主程序制定并公示告知员工，且内容不得违反法律法规的强制性规定。若公司规章制度中明确规定“请假可以用周末加班时间抵扣”，且该制度合法有效，则在一定程度上具有法律效力。但即便如此，公司也应确保员工的合法权益不受侵害。
五、劳动者的权益保护与救济途径
权益保护：
- 劳动者有权要求公司按照法律规定支付工资和安排休息时间。若公司违反劳动法规，劳动者可以与公司进行协商沟通，要求纠正不当行为。
救济途径：
- 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉，请求查处公司的违法行为。
- 劳动者还可以申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结与建议：
公司在处理员工请假与周末调休抵扣问题时，应严格遵守劳动法规，确保员工的休息时间和工资待遇不受损害。劳动者在遇到相关争议时，也应积极维护自己的合法权益，通过合法途径寻求救济。若您对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。