结论前置：公司休假用周末抵扣是否违法，需根据具体情况判断。若公司确保员工每周至少休息一天，且调休安排符合劳动法规，则通常合法；但若损害员工加班调休或加班工资的权益，则为不合法。
一、周末的法律地位与调休原则
周末是劳动者的法定休息日，根据相关法律法规，用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。在计算工资时，周末的工资是劳动者应得的合法权益，不应因请假而被直接扣除。同时，公司在对工作时间和休假进行统筹安排时，需遵守劳动法规，确保调休安排合理且合法。
二、正常工作日请假与周末调休抵扣
合法性分析：
- 如果员工请的是普通事假等正常工作日的假期，公司安排在后续周末进行调休抵扣，同时确保员工每周至少休息一天，并支付正常工作时间的工资，这种做法通常是合法的。这属于公司对工作时间和休假的合理统筹安排。
- 但如果公司利用调休来抵扣员工请假，导致员工实际休息时间不足一周至少一天，或者影响了员工正常工资的发放，那么这种做法就可能构成违法。
操作建议：
- 公司在实施调休抵扣时，应明确告知员工调休的具体安排，并确保调休后员工的休息时间以及工资待遇符合法律规定。
- 员工在接受调休安排时，也应了解自己的权益，避免被不合理地剥夺休息时间或影响工资待遇。
三、周末加班与请假抵扣的特殊情况
平时加班与周末加班：
- 平时加点（即工作日延长工作时间）不能用调休替代加班费，公司必须支付不低于工资150%的加班工资。
- 周末加班可以安排调休，但如果公司将员工原本应得的周末加班调休用来抵扣请假，导致员工无法获得应有的加班调休或加班工资，则属于不合法行为。
法定节假日加班：
- 法定节假日加班不能用调休抵扣，公司必须支付不低于工资300%的加班工资。若公司将法定节假日加班的调休用于抵扣员工请假，则严重违反了劳动法律法规。
四、劳动者的权益保护与救济途径
权益保护：
- 劳动者有权要求公司按照法律规定支付工资和安排休息时间。
- 如果公司违反劳动法规，劳动者可以与公司进行协商沟通，要求纠正不当行为。
救济途径：
- 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉，请求查处公司的违法行为。
- 劳动者还可以申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，公司在处理员工请假与周末调休抵扣问题时，应严格遵守劳动法规，确保员工的休息时间和工资待遇不受损害。如果您在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。