事假扣周末加班费一般是不合法的，但具体还需根据劳动合同的约定、公司规章制度的合理性以及是否违反法律法规的强制性规定来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、从工时制度角度分析
标准工时制：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，周末通常是劳动者的法定休息日。在标准工时制下，劳动者在周末并不提供劳动，因此也没有对应的加班费或工资。若用人单位因劳动者请事假而扣除其周末的加班费，这种做法显然是不合法的，因为周末并非劳动者的正常工作日，不应纳入请假扣除工资的范畴。
其他工时制：
- 对于实行不定时工作制或综合计算工时工作制的用人单位，虽然工时管理方式可能有所不同，但同样不能随意将周末工时与平时请假关联扣除。这些工时制需按照相应规定和审批程序进行管理，确保劳动者的合法权益不受侵害。
二、从请假制度角度分析
事假：
- 劳动者因个人原因请事假时，用人单位可依据规章制度进行审批和管理。然而，这并不意味着用人单位可以随意扣除劳动者的周末加班费。员工履行了请假手续后，用人单位应仅就其实际未提供劳动的工作日进行工资扣除，而不能将请假与其他不相关的工时（如周末加班费）进行不合理抵扣。
病假：
- 若劳动者因病需要停止工作治病休息，用人单位应给予医疗期并支付病假工资。在这种情况下，更不能扣除劳动者的周末加班费。因为病假工资是劳动者在医疗期内应享有的合法权益，与周末加班费无直接关联。
三、合法与不合法情况的具体分析
合法情况：
- 劳动合同明确约定：如果劳动合同中明确规定了请假扣除工资（包括加班费）的方式，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除方式可能是合法的。但需要注意的是，这种约定必须合理且公平，不能损害劳动者的合法权益。
- 公司规定合理且经劳动者同意：公司规章制度中可能有相关规定，且该规定合理、公平，不损害劳动者权益，并经过民主程序制定且向劳动者公示或告知。在这种情况下，如果劳动者同意并接受了这种规定，那么请假扣除周末加班费可能在一定程度上被视为合法。但同样需要确保这种扣除不违反法律法规的强制性规定。
不合法情况：
- 劳动合同未约定或约定不明确：若劳动合同中无相关约定或公司规定不合理、不公平，则扣除周末加班费可能不合法。因为这种情况下，用人单位没有合法的依据来扣除劳动者的周末加班费。
- 违反法律法规：任何扣除行为都不能违反法律法规的强制性规定。例如，如果扣除周末加班费导致劳动者的工资待遇低于法定标准，或者影响了劳动者依法享有的其他权益，那么这种扣除行为就是不合法的。
四、劳动者权益保护建议
- 如果您认为自身权益受到侵害（如被不合理扣除周末加班费），可以先与用人单位进行协商沟通，要求其纠正错误的工资扣除方式。
- 若协商不成，您可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在维权过程中，请确保保留好相关证据（如劳动合同、工资条、请假条等），以便在需要时提供证明。
总结：事假扣周末加班费一般是不合法的，但具体还需根据劳动合同的约定、公司规章制度的合理性以及是否违反法律法规的强制性规定来判断。作为劳动者，您应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己的权益和义务，并在必要时寻求法律帮助以维护自身权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。