结论：工作日休息扣周六日加班费是否合法，需分情况讨论，主要取决于是否经过协商、是否依法支付加班工资以及是否存在特殊情况等因素。
一、合法情况
经协商一致且依法支付加班工资：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间。若用人单位与劳动者就工作日休息后用周六日加班来抵扣达成一致，并且依法支付了加班工资（休息日加班且不能补休的，支付不低于工资的200%作为报酬），则此做法合法。
- 举例：公司因业务调整，决定在某工作日放假，同时与员工协商，要求员工在接下来的周六日加班以完成工作任务，并承诺支付加班费。若员工同意，且公司确实支付了加班费，则此做法合法。
特殊行业或紧急情况下的加班：
- 特殊行业如交通、铁路、邮电、航空、电力、医院等，因其工作性质和公共服务需求，可能有特殊的加班规定。这些行业的加班通常受相应行业规定或特殊劳动制度保障。
- 在紧急情况下，如自然灾害、事故威胁人民生命健康和财产安全，或生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障需及时抢修时，根据《劳动法》第四十二条，延长工作时间不受上述限制。若在此类情况下，工作日休息后用周六日加班来抵扣，且符合相关规定，则可能合法。
二、违法情况
未经协商强制抵扣且未支付加班工资：
- 若用人单位未经与工会和劳动者协商，擅自决定在工作日放假后要求员工在周六日加班以抵扣，并且未依法支付加班工资，则此做法违法。劳动者有权拒绝此类不合理的加班要求，并可通过法律途径维护自己的权益。
- 举例：公司未经员工同意，擅自决定在某工作日放假，并要求员工在周六日加班以完成工作任务，但未支付加班费。此做法违法，员工有权拒绝并投诉。
抵扣方式不合理或侵犯员工权益：
- 即使存在抵扣约定，但如果抵扣方式不合理（如频繁抵扣、抵扣时间过长等）或侵犯了员工的合法权益（如未保障员工休息时间、未提供必要的劳动保护等），则同样可能违法。
三、法律建议
- 对于用人单位：在制定相关规章制度时，务必咨询专业法律人士，确保各项规定都符合法律法规的要求。同时，应充分考虑和尊重员工的权益和意愿，确保抵扣方式合理、透明，并依法支付加班工资或安排补休。
- 对于劳动者：应关注自身权益，若单位违反加班规定或抵扣方式不合理，可通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。同时，劳动者在加班时应注意保存相关证据，以便在必要时证明加班事实。
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