法定休息日不加班扣工资是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
法律规定层面
加班自愿原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要延长工作时间，必须与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时；特殊情况下，每日延长工作时间不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。这表明，加班需基于劳动者的自愿，用人单位不能单方面强制要求。
不得克扣工资：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应以货币形式按月支付给劳动者，且不得克扣或无故拖欠。法定休息日是劳动者的休息权利，拒绝加班不应成为克扣工资的理由。
加班费支付规定：
- 若用人单位在休息日或法定休假日安排劳动者工作，必须按照法律规定支付加班费。根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，法定休假日工作的，应按照不低于工资的百分之三百支付加班费。
员工权利层面
拒绝加班的权利：
- 劳动者享有休息休假的权利，法定休息日是法律赋予的强制休息时间。在此期间，劳动者有权根据自身意愿选择休息或从事个人事务，用人单位无权强制加班。
获得合法报酬的权利：
- 如劳动者在法定休息日选择加班，用人单位应按法律规定支付加班费，作为对劳动者额外劳动的补偿。若劳动者拒绝加班，其正常工资待遇不应受到影响，用人单位不得因此克扣工资。
实际操作与建议
- 与用人单位协商：若您遇到用人单位因拒绝加班而扣工资的情况，首先可以尝试与用人单位进行协商，明确指出法律规定，要求用人单位纠正不当行为，确保工资得到足额支付。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门具备对用人单位违法行为进行查处的权力，并可责令其改正及补发工资。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，您还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或通过司法途径提起诉讼，要求用人单位不仅支付被扣工资，还可能获得相应的赔偿金。
总结来说，法定休息日不加班扣工资是不合法的，用人单位应依法行事，确保劳动者的合法权益得到保障。劳动者也应了解自己的权利，并在必要时采取适当措施维护自身权益。如果您有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。