工作日休息扣周末加班工资的行为，通常是违法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 工资支付的基本原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者在正常工作时间内提供了劳动，用人单位应当按照劳动合同约定的工资标准支付工资。
   • 加班工资是劳动者在超出正常工作时间外提供劳动所应得的额外报酬，其计算方式和支付标准有明确的法律规定。

2. 工作日休息与周末加班工资的关系：

   • 工作日休息通常指的是劳动者在正常工作日内的休息日，如调休、病假、事假等。在这些情况下，劳动者并未提供超出正常工作时间的劳动，因此不应扣除其周末的加班工资。
   • 周末加班工资是劳动者在周末（即休息日）提供劳动所应得的报酬。如果用人单位因劳动者工作日休息而扣除其周末加班工资，这实际上是对劳动者加班报酬的非法剥夺。

3. 可能的违法情形：

   • 如果用人单位以劳动者工作日休息为由，拒绝支付或扣除其周末加班工资，这违反了《中华人民共和国劳动法》中关于加班工资支付的规定。
   • 劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付加班工资，如果用人单位拒绝支付，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

4. 特殊情况下的处理：

   • 当然，也存在一些特殊情况，如劳动者因个人原因（如事假、病假等）导致工作日无法工作，且这些假期已经按照单位规定或劳动合同约定扣除了相应工资。但即便如此，这也不应成为用人单位扣除劳动者周末加班工资的理由。
   • 如果劳动者与用人单位之间有特别的约定（如通过集体合同、劳动合同或规章制度等），且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么可以按照约定执行。但这样的约定通常不会涉及以工作日休息为由扣除周末加班工资的情况。

建议：

• 如果你遇到了用人单位以工作日休息为由扣除周末加班工资的情况，首先应当与用人单位进行沟通协商，要求其按照法律规定支付加班工资。
• 如果沟通协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

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