公司安排周日加班，工作日休息是否合法，主要取决于公司是否遵守了相关法律法规，特别是关于加班费和补休的规定。以下是对此问题的详细分析：
合法情形：
- 协商一致且支付加班费：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。若公司与员工达成一致，并且按此标准支付了加班费，则周日加班、工作日休息的安排是合法的。
- 特殊情况：在某些紧急情况下，如自然灾害、事故威胁劳动者生命健康和财产安全，或生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障需紧急抢修，以及法律、行政法规规定的其他情形，公司可不经协商直接安排加班，但事后通常应支付相应加班费。若公司在此类情况下安排周日加班，且后续支付了加班费，则该安排也是合法的。
不合法情形：
- 若公司未经员工同意，在周日安排加班，既不支付加班费，也不安排补休，且不属于上述紧急情况等法定特殊情形，则该安排违法。员工有权要求公司支付加班费或安排补休，以维护自身合法权益。
从员工的角度来看：
- 若公司未按规定支付加班费或安排补休，员工应先与公司沟通协商，表达自己的诉求和权益。
- 协商不成时，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工应提供相关证据，如加班记录、工资单等，以证明公司的违法行为。
从公司的角度来看：
- 在安排周日加班时，公司应确保与员工协商一致，并按法律规定支付加班费或安排补休，以避免法律风险。
- 公司还应建立健全的加班管理制度，明确加班的审批流程、加班费的计算标准等，以确保加班管理的合规性和透明度。
综上所述，公司在安排周日加班、工作日休息时，必须严格遵守相关法律法规，特别是关于加班费和补休的规定。员工也应了解自己的权利，并在权益受到侵害时通过合法途径进行维权。如有任何劳动纠纷方面的法律问题，可以直接向我咨询。