综合工时制下，上班天数超过基本天数而扣年假的做法是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
法律背景
根据《职工带薪年休假条例》的相关规定，职工依法享受带薪年休假，这是职工的法定权利。年休假天数根据职工累计工作年限确定，与职工是否实行综合工时制无关。实行综合工时制的职工，同样享有带薪年休假的权利，且年休假天数不受综合工时制的影响。
具体分析
综合工时制的特点：
- 综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）灵活安排工作时间，但总工作时间不得超过法定标准工作时间。
- 实行综合工时制的职工，在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。
年休假与综合工时制的关系：
- 年休假是职工依法享受的休息权利，与职工的工作时间制度（如标准工时制、综合工时制）无关。
- 实行综合工时制的职工，其年休假天数仍按照《职工带薪年休假条例》的规定执行，即根据职工累计工作年限确定。
扣年假的违法性：
- 如果用人单位因职工在综合工时制下上班天数超过基本天数而扣减其年休假，这种做法违反了《职工带薪年休假条例》的规定，侵犯了职工的合法权益。
- 职工有权要求用人单位按照法律规定安排其享受带薪年休假，并有权对用人单位的违法行为进行投诉或提起劳动争议仲裁。
法律建议
与用人单位协商：
- 如果您发现用人单位存在因综合工时制上班天数超过基本天数而扣减年休假的情况，建议首先与用人单位进行协商，要求其按照法律规定安排您享受带薪年休假。
投诉或提起劳动争议仲裁：
- 如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉用人单位的违法行为，或者向劳动争议仲裁委员会提起劳动争议仲裁，要求用人单位承担相应的法律责任。
可能的法律后果
如果用人单位因职工在综合工时制下上班天数超过基本天数而扣减其年休假，且经职工投诉或提起劳动争议仲裁后仍不改正的，劳动监察部门或劳动争议仲裁委员会将依法对用人单位进行处罚，并要求其补发职工应休未休的年休假工资报酬。
总结来说，综合工时制下上班天数超过基本天数而扣年假的做法是不合法的。职工有权依法享受带薪年休假，用人单位不得因职工的工作时间制度而侵犯其合法权益。如果您遇到此类问题，建议及时与用人单位协商或寻求法律援助。