结论：员工超过了公司放假天数，公司扣了年休假5天还要扣工资的行为是否合法，需分情况讨论。一般来说，若公司规章制度合法且已告知员工，同时扣除工资符合法律规定，则可能合法；但若扣除工资超出法定范围或公司规章制度不合法，则不合法。

分析说明：

1. 公司规章制度的角度：

   • 公司有权根据自身情况制定规章制度，包括关于放假、年休假以及工资扣除的规定。
   • 若公司的规章制度中明确规定了超过放假天数将扣除年休假，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，同时公司已经通过合法程序（如职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定）制定了该规章制度，并且已经告知了员工，那么公司按照规章制度扣除年休假是合法的。

2. 工资扣除的合法性：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 若公司扣除的工资超出了上述法定范围，即扣除的工资超过了员工当月工资的20%，或者扣除后员工的工资低于当地最低工资标准，那么公司的这一行为就是不合法的。
   • 若公司扣除工资并非基于员工给公司造成经济损失，而是仅仅因为员工超过了公司放假天数，这种扣除工资的行为可能缺乏法律依据，也是不合法的。

3. 年休假与工资扣除的关联性：

   • 年休假是员工的合法权益，公司不能随意剥夺。若公司因为员工超过了放假天数就扣除年休假，并且这一行为没有合理的依据（如公司规章制度中的明确规定，并且该规定合法有效），那么公司的这一行为可能构成对员工年休假权益的侵犯。
   • 同时，即使公司有权扣除年休假，也不能因此就随意扣除员工的工资。工资是员工劳动的报酬，公司扣除工资必须基于合法的理由和程序。

行动建议：

• 对于员工：

  • 首先，查看公司的规章制度，了解关于放假、年休假以及工资扣除的具体规定。
  • 其次，如果认为公司的行为不合法，可以与公司进行协商，要求公司纠正不当行为。
  • 最后，如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

• 对于公司：

  • 确保公司的规章制度合法有效，并且已经通过合法程序制定并告知了员工。
  • 在扣除员工工资时，必须基于合法的理由和程序，并且确保扣除的工资不超过法定范围。
  • 尊重员工的年休假权益，不要随意剥夺或侵犯。

法律后果：

• 如果公司的行为被认定为不合法，可能需要承担相应的法律责任，如支付员工被扣除的工资、赔偿员工因此遭受的损失等。
• 同时，公司的声誉和形象也可能因此受到损害，影响公司的长期发展。