离职时年假超休，公司一般不可以直接扣工资，但具体是否合法需视情况而定。以下从不同角度为你详细分析：
一、年假的基本规定
根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在单位连续工作满1年以上的，享受带薪年休假。年休假天数根据职工累计工作时间确定，一般在5天至15天之间。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
二、年假超休的处理原则
未休年假的补偿：
- 如果职工在离职前未休完应休的年假，用人单位应当按照职工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。这意味着，对于未休的年假，职工实际上可以获得额外的200%的工资补偿。
年假超休的情况：
- 理论上，年假是职工应享受的福利，不存在“超休”的说法，因为年假是职工应得的休息时间。但在实际操作中，如果职工在离职前已经休完了当年应休的年假，但按照其累计工作时间计算，其实际应休的年假天数多于已休天数（这种情况较为少见，通常是因为职工在单位的工作时间跨年度且年假计算方式导致），此时用人单位一般不能直接扣减职工工资。
- 更常见的情况是，职工在离职前未休完年假，但用人单位已经按照正常工资支付了职工在离职前休假期间的工资（即未按照300%的标准支付未休年休假工资报酬）。在这种情况下，用人单位也不应直接扣减职工工资，而是应当补足未休年休假工资报酬的差额部分。
三、公司扣减工资的合法性分析
合法情况：
- 如果职工与用人单位在劳动合同或规章制度中明确约定了年假超休（实际上应为未休年假的补偿处理）的扣减工资条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位在职工离职时按照约定扣减工资可能是合法的。但这种情况较为特殊，且需要严格的合同或制度依据。
非法情况：
- 在没有合同或制度依据的情况下，用人单位直接扣减职工工资以抵消未休年假的补偿是不合法的。职工有权要求用人单位按照法律法规的规定支付未休年休假工资报酬。
四、建议与措施
对于职工：
- 在离职前，尽量与用人单位协商处理好年假的休假和补偿问题。
- 如果用人单位存在违法扣减工资的行为，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 应当建立健全的年假管理制度，明确年假的休假、补偿和扣减等规定。
- 在处理职工离职时的年假问题时，应当遵循法律法规的规定，避免违法扣减职工工资。
举例说明：假设职工小李在某单位工作满3年，应休年假为5天。但小李在离职前只休了3天年假，剩余2天未休。按照规定，用人单位应当按照小李日工资收入的300%支付这2天未休年休假的工资报酬（其中已包含正常工作期间的工资收入，因此实际需额外支付200%的工资）。如果用人单位直接扣减小李的工资以抵消这部分补偿，那么这种行为就是非法的。小李有权要求用人单位补足这部分工资报酬。
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