结论：员工离职时超休的福利假期是否可以扣工资，需分情况讨论，主要取决于公司规章制度、劳动合同约定以及超休的性质（是否经批准）。以下是具体分析：

1. 若超休的福利假期未经公司批准，且公司规章制度明确规定“超休按事假处理或扣减工资”
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%。若超休属于“未经批准的缺勤”，公司可依据规章制度按事假处理（不支付工资）或直接扣减对应工资，但需注意：

   • 规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示；
     
   • 劳动合同中需明确约定“超休福利假期的处理方式”；
     
   • 扣减金额需符合“不超过当月工资20%”的法定上限。

2. 若超休的福利假期已获公司批准，或公司规章制度未明确规定处理方式
   此时公司无权直接扣减工资。福利假期（如年假、病假、婚假等）是员工依法或依公司制度享有的权益，即使超出常规天数，只要公司事先批准，即视为双方对工作安排的合意调整，公司不得事后追责。若公司强行扣减，可能构成“未及时足额支付劳动报酬”，员工可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求经济补偿。

3. 特殊情形：超休导致公司实际损失的
   若员工超休福利假期导致公司产生直接经济损失（如项目延误、客户索赔等），公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条要求赔偿，但需满足：

   • 损失与超休行为存在直接因果关系；
     
   • 公司能提供损失金额的合法证据（如合同、发票等）；
     
   • 赔偿金额需与员工工资水平匹配（通常不超过当月工资20%）。

建议：

• 对公司而言，应在规章制度中明确福利假期的使用规则（如审批流程、超休处理方式），并确保制度合法有效；
  
• 对员工而言，若公司扣减工资，可要求公司出具书面依据（如规章制度条款、劳动合同约定），若无法提供，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有进一步细节（如公司规章制度内容、超休是否获批等），可随时补充说明，我会为您具体分析。