结论前置：离职时年假已用完，公司因此扣工资是否合法，需分情况讨论。

1. 年假已休且符合法律规定：

   • 根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在单位连续工作满1年以上的，享受带薪年休假。年休假期间，职工应享受与正常工作期间相同的工资收入。
   • 若您已按照法律规定休完了年假，且年假期间工资已正常发放，那么离职时公司因年假已用完而扣工资是不合法的。因为年假是您的合法权益，且您已享受了相应的待遇。

2. 年假未休或未休完：

   • 如果您在职期间因公司原因未能休完年假，根据《企业职工带薪年休假实施办法》的规定，公司应当按照您日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含公司支付您正常工作期间的工资收入。
   • 若公司未按照此规定支付未休年休假工资报酬，而是选择在离职时因年假未休而扣工资，这是不合法的。您有权要求公司支付未休年休假的工资报酬。
   • 特殊情况：如果您因个人原因书面提出不休年假，公司可以只支付您正常工作期间的工资收入，而无需支付额外的300%工资报酬。但这种情况下，公司也不应在离职时因年假未休而扣工资。

3. 公司规章制度或劳动合同中的特殊约定：

   • 有些公司可能在规章制度或劳动合同中规定了关于年假和工资的具体条款。如果这些条款不违反国家法律法规的强制性规定，且您在入职时已知悉并同意，那么这些条款可能对您具有约束力。
   • 但即便如此，如果条款中规定离职时因年假已用完而扣工资，且该规定与国家法律法规相悖（如未考虑未休年休假工资报酬的支付），那么该条款可能是无效的。

法律建议：

• 如果您认为公司因年假问题扣工资是不合法的，您可以先与公司进行协商，要求公司支付相应的工资报酬。
• 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果公司确实存在违法行为，劳动监察部门或劳动仲裁机构可能会责令公司支付您应得的工资报酬，并可能对公司进行相应的处罚。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。