结论：公司未按标准工时制发放工资，而是以包工制发放，这种做法可能违反了劳动合同的约定以及相关法律法规，您有权要求公司按照劳动合同约定的标准工时制发放工资，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
分析如下：
劳动合同的效力：
- 您与公司签订的劳动合同中明确约定了标准工时制，这是双方真实意思的表示，具有法律约束力。公司应当按照劳动合同的约定履行义务，包括工资发放制度。
包工制与标准工时制的区别：
- 标准工时制通常指的是按照法定的工作时间（如每日8小时，每周40小时）来计算工资，超出部分视为加班，应支付加班费。
- 包工制则可能是一种按照工作成果或工作量来计算工资的方式，它可能不直接与工作时间挂钩。然而，如果这种制度没有在劳动合同中明确约定，或者违反了法律法规的强制性规定，那么它就是不合法的。
公司的违法行为：
- 如果公司未经您同意，擅自将工资发放制度从标准工时制变更为包工制，这构成了对劳动合同的变更，需要双方协商一致。未经协商一致的变更，是无效的。
- 此外，如果包工制的实施导致了您的工资低于当地最低工资标准，或者违反了其他关于工资支付的法律法规，那么公司的行为就是违法的。
您的权利与救济途径：
- 您有权要求公司按照劳动合同约定的标准工时制发放工资。
- 如果公司拒绝改正，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，甚至提起诉讼来维护自己的合法权益。
建议行动：
- 与公司沟通：首先，您可以尝试与公司进行沟通，明确表达您的诉求，要求公司按照劳动合同的约定发放工资。
- 收集证据：在沟通过程中，注意收集相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录等，以备不时之需。
- 寻求法律帮助：如果公司拒绝改正，或者您对法律程序不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径来维护自己的权益。
可能后果：
- 如果公司确实存在违法行为，并且您通过法律途径成功维权，那么公司可能需要支付您应得的工资差额、加班费以及可能的赔偿金。
- 同时，公司也可能因为违反劳动法律法规而受到行政处罚。
总之，公司未按标准工时制发放工资，而是以包工制发放，这种做法可能违反了劳动合同的约定以及相关法律法规。您有权要求公司改正，并通过法律途径维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。