结论：在劳动合同约定工作时间为标准工时制，且劳动报酬包含基本工资、加班工资及补贴的情况下，劳动报酬的支付通常应按照劳动合同的约定执行。但具体支付方式还需结合实际情况及相关法律法规进行综合判断。
一、劳动合同约定优先
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。因此，当劳动合同中明确约定了工作时间为标准工时制，且劳动报酬包含基本工资、加班工资及补贴时，用人单位应按照劳动合同的约定向劳动者支付劳动报酬。这是劳动合同约定优先原则的具体体现。
二、加班工资的计算与支付
加班工资的计算：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班工资的计算通常基于劳动者的小时工资或日工资标准，并结合加班时间进行计算。
- 例如，工作日加班工资通常为小时工资标准的150%；休息日加班且未安排补休的，加班工资为日工资标准的200%；法定节假日加班的，加班工资为日工资标准的300%。
加班工资的支付：
- 用人单位应按照实际加班情况，及时、足额地向劳动者支付加班工资。
- 如果劳动合同中明确约定了加班工资的计算方式和支付时间，用人单位应严格遵守。
三、补贴的支付
补贴的性质：
- 补贴是用人单位为了补偿劳动者在特定条件下（如高温、低温、高空等）工作所支付的额外费用。
- 补贴的种类和金额通常由用人单位根据实际情况和政策规定进行确定。
补贴的支付：
- 如果劳动合同中明确约定了补贴的种类、金额和支付时间，用人单位应按照约定进行支付。
- 如果劳动合同未明确约定，但用人单位实际支付了补贴，且劳动者接受了该补贴，那么可以视为双方对补贴支付达成了默示协议。
四、特殊情况下的处理
劳动合同变更：
- 如果因客观情况发生重大变化，导致原劳动合同无法继续履行，双方可以协商变更劳动合同的相关内容，包括劳动报酬的支付方式和金额。
- 但变更劳动合同应遵循平等自愿、协商一致的原则，并不得违反法律法规的强制性规定。
用人单位违约：
- 如果用人单位未按照劳动合同的约定向劳动者支付劳动报酬（包括基本工资、加班工资及补贴），劳动者有权要求用人单位支付拖欠的工资，并可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
五、建议与注意事项
保留证据：
- 劳动者应妥善保管与用人单位签订的劳动合同、工资条、加班记录等证据材料，以便在发生争议时维护自己的合法权益。
及时沟通：
- 如果劳动者对劳动报酬的支付有疑问或不满，应及时与用人单位进行沟通协商，寻求解决方案。
依法维权：
- 如果协商无果，劳动者可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。