结论前置：12小时工作制是否违法，关键在于是否遵循了法定的工时制度及是否获得了劳动行政部门的审批。在标准工时制下，12小时工作制通常是违法的；但如果是在综合计算工时工作制或不定时工作制下，并且已经获得了劳动行政部门的审批，那么这种工作制可能是合法的。关于加班费，其计算方式也依据不同的工时制度有所不同，但只要足额支付了符合法律规定的加班费，就不存在违法支付加班费的问题。

一、工时制度的法律规定与12小时工作制的合法性

1. 标准工时制：

   • 根据我国法律，劳动者每日工作时间应不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时，且保证每周至少休息1日。因此，在标准工时制下，12小时工作制明显超出了法定工作时间，是违法的。

2. 综合计算工时工作制：

   • 企业因生产特点不能实行标准工时制度的，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。在这种制度下，工作时间可以在一定周期内综合计算，如周、月、季或年。只要在综合计算周期内，劳动者的总工作时间不超过法定标准工作时间，那么每天工作12小时可能是合法的。

3. 不定时工作制：

   • 同样，经劳动行政部门批准，企业可以实行不定时工作制。这种制度下，劳动者的工作时间不受固定时数的限制，而是根据工作需要灵活安排。因此，12小时工作制在不定时工作制下也可能是合法的。

二、加班费的规定与计算

加班费的计算方式依据工时制度的不同而有所差异，但核心原则是确保劳动者因加班而获得的报酬不低于法定标准。

1. 标准工时制下的加班费计算：
   • 工作日加班：支付不低于工资的150%的工资报酬。
   • 休息日加班且不能安排补休：支付不低于工资的200%的工资报酬。
   • 法定休假日加班：支付不低于工资的300%的工资报酬。

举例：若劳动者月工资为5000元，在工作日加班4小时（即原工作8小时，现工作12小时），其加班工资计算如下：

• 日工资：5000元 ÷ 21.75天 ≈ 229.89元
• 小时工资：229.89元 ÷ 8小时 ≈ 28.74元
• 加班工资：28.74元 × 4小时 × 150% = 172.44元

1. 综合计算工时工作制下的加班费计算：

   • 在综合计算周期内，总实际工作时间超过总法定标准工作时间的部分，视为延长工作时间，支付不低于工资的150%的加班工资。
   • 若在法定休假日安排工作，支付不低于工资的300%的加班工资。

2. 不定时工作制下的加班费计算：

   • 一般情况下，不实行标准的加班工资规定。
   • 但部分地区规定，在法定休假日工作的，需按照不低于工资的300%支付加班工资，具体需参照当地规定执行。

三、实际应用与建议

• 对于企业：应严格遵守工时制度的规定，确保劳动者的工作时间不超过法定标准。如需实行特殊工时制，应提前向劳动行政部门申请并获得批准。同时，应足额支付劳动者的加班费，避免违法风险。

• 对于劳动者：应了解自己的工时制度及加班费计算方式，确保自己的合法权益得到保障。如遇企业违法安排工作时间或未足额支付加班费的情况，可依法向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

综上所述，12小时工作制是否违法及加班费的计算方式需综合考虑具体的工时制度及是否经过劳动行政部门的审批。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。