结论：在合同约定为标准工时制但实际上班12小时，且加班费低于最低工资标准的情况下，您有权被迫离职（即被迫解除劳动合同），并可以要求用人单位支付经济补偿金及补足加班费差额。以下从法律背景、具体操作及可能后果等角度进行详细分析：
一、法律背景
加班费支付标准：
- 根据《劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资150%的工资报酬；休息日安排工作且不能补休的，支付不低于工资200%的工资报酬；法定休假日安排工作的，支付不低于工资300%的工资报酬。
- 若加班费低于上述标准，或低于当地最低工资标准（以小时计），则用人单位构成违法。
被迫解除劳动合同的法律依据：
- 根据《劳动合同法》第三十八条，用人单位未及时足额支付劳动报酬（包括加班费）的，劳动者可以解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿金。
- 经济补偿金的计算标准为：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。
二、具体操作建议
收集证据：
- 保留劳动合同、工资条、考勤记录、加班通知等证据，证明实际工作时间及加班费支付情况。
- 若用人单位未记录考勤或拒绝提供工资条，可通过录音、聊天记录等方式固定证据。
书面通知用人单位：
- 以书面形式（如邮件、短信、微信等）通知用人单位，明确指出其未足额支付加班费的行为违法，并要求补足差额及支付经济补偿金。
- 保留通知的发送记录，作为后续维权的证据。
申请劳动仲裁：
- 若用人单位拒绝履行义务，可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求：
- 确认劳动合同解除；
- 用人单位支付经济补偿金；
- 用人单位补足加班费差额；
- 其他合理诉求（如未休年休假工资等）。
三、可能后果及注意事项
用人单位可能提出的抗辩：
- 用人单位可能主张加班费已包含在工资中，或以“自愿加班”为由拒绝支付。此时，您需提供证据证明加班是用人单位安排的，且加班费未足额支付。
- 若劳动合同中约定“加班费已包含在工资中”，但实际工资低于最低工资标准或加班费计算方式违法，该条款可能被认定为无效。
经济补偿金的计算基数：
- 经济补偿金的计算基数为劳动者在劳动合同解除前十二个月的平均工资，包括基本工资、奖金、津贴等。
- 若加班费未足额支付，可能导致平均工资计算偏低，此时可要求将实际应得的加班费纳入计算基数。
维权成本及时间：
- 劳动仲裁程序通常需要1-2个月，若对仲裁结果不服，还可向法院起诉，时间可能更长。
- 维权过程中可能产生律师费、交通费等成本，但若胜诉，可要求用人单位承担部分费用（如律师费在部分地区可支持）。
四、示例计算（经济补偿金）
假设您在用人单位工作3年，月工资为5000元（含已支付的加班费），但实际应得的加班费为每月1000元（未足额支付部分）。则：
- 经济补偿金计算基数：5000元（月工资）+1000元（未足额支付的加班费）=6000元（实际应纳入计算的平均工资）。
- 经济补偿金金额：6000元×3年=18000元。
最后建议：若您面临此类情况，建议尽快收集证据并咨询专业律师（即向我咨询），以确保维权过程合法有效。