结论：劳动合同中约定“六天八小时工作制，额外时间算加班并支付加班费”是否违法，需分情况讨论。若每日工作时间不超过8小时、每周不超过40小时，且超出部分严格按法律规定支付加班费，则不违法；若超出法定工时上限或加班费支付不符合标准，则违法。以下是具体分析：

一、合法情形：符合法定工时与加班费标准

根据《劳动法》第三十六条、第三十八条及第四十四条：

1. 标准工时制：劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周不超过40小时。若劳动合同约定“六天工作制”中，每日实际工作8小时，但每周总工时未超过40小时（例如，周一至周五每天8小时，周六工作4小时），且超出部分按以下标准支付加班费：

   • 工作日加班：不低于工资的150%；
   • 休息日加班且未补休：不低于工资的200%；
   • 法定节假日加班：不低于工资的300%。 此情形下，合同约定合法。

2. 综合计算工时制：若企业经劳动行政部门批准实行综合计算工时制（如以周、月为周期），且周期内总工时未超过法定标准（如每周40小时），超出部分按加班费标准支付，合同约定亦合法。但需注意，综合计算工时制需严格履行审批程序，否则仍按标准工时制处理。

二、违法情形：超出法定工时或加班费支付不足

1. 每日/每周工时超标：

   • 若劳动合同约定“六天工作制”导致每日工作超过8小时（如每天9小时），或每周总工时超过40小时（如六天每天8小时，共48小时），即使支付加班费，仍违反《劳动法》第三十六条关于工时的强制性规定。
   • 法律后果：劳动者可要求企业支付超时部分的加班费，并可能主张企业承担行政责任（如劳动行政部门责令改正、罚款）。

2. 加班费支付不足：

   • 若企业未按法定标准支付加班费（如仅按100%支付休息日加班费），即使工时未超标，仍违反《劳动法》第四十四条。
   • 法律后果：劳动者可要求企业补足差额，并可能主张经济补偿金（如因拖欠工资被迫离职）。

三、实务建议

1. 劳动者：

   • 核对劳动合同中的工时与加班费条款，保留考勤记录、工资条等证据；
   • 若发现违法情形，可先与企业协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 企业：

   • 设计工时制度时，确保每日/每周工时不超过法定上限；
   • 明确加班费计算基数（如以基本工资为基数）并书面告知劳动者；
   • 避免以“调休”替代休息日加班费（除非劳动者同意且符合地方规定）。

示例：若劳动合同约定“周一至周六每天工作8小时，周日休息，加班费按基本工资的200%支付”，但企业实际按150%支付周六加班费，则属于“加班费支付不足”的违法情形，劳动者可要求补足差额。

如有进一步疑问或需具体计算加班费，可直接向我咨询。