合同约定以基本工资算加班费，这种做法通常是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

一、法律规定层面

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这些规定明确了加班费的计算方式，且是以劳动者的正常工作时间工资为计算基数，而非仅以基本工资为计算基数。

二、实际操作层面

1. 剥夺劳动者合理报酬权利：

   • 如果合同仅约定以基本工资作为加班费的计算基数，那么劳动者在正常工作时间外付出额外劳动时，可能无法获得应有的加班报酬，这实际上剥夺了他们获得合理报酬的权利。

2. 违反法律强制性规定：

   • 我国法律对加班费的计算和支付有明确规定，旨在保护劳动者的合法权益。将加班费仅与基本工资挂钩，可能违反了法律的强制性规定，特别是在加班时间较长或加班频率较高的情况下，这种做法更可能损害劳动者的利益。

3. 引发劳动争议：

   • 由于这种约定方式存在模糊性和不确定性，容易引发劳动争议和纠纷。例如，当劳动者认为加班费计算不合理时，他们可能会向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，从而影响劳动关系的和谐稳定。

三、合法约定的建议

为避免法律风险和维护劳动者的合法权益，用人单位在与劳动者签订劳动合同时，应明确区分基本工资和加班费，并分别进行约定。具体建议如下：

1. 明确基本工资：

   • 在劳动合同中明确约定劳动者的基本工资数额或计算方法，确保基本工资能够反映劳动者在正常工作时间内的劳动价值。

2. 单独约定加班费：

   • 在劳动合同中单独约定加班费的计算方式和标准，如按照法定标准（即延长工作时间150%、休息日200%、法定休假日300%）进行计算，并明确加班费的支付时间和方式。

3. 遵守法律法规：

   • 用人单位应严格遵守国家关于工作时间和休息休假的法律法规，合理安排劳动者的工作时间和休息时间，避免过度加班和侵犯劳动者的合法权益。

四、特殊情况说明

虽然一般情况下合同约定以基本工资算加班费是不合法的，但在某些特殊情况下，如果劳动合同中明确约定了加班费的计算基数（且该基数不低于当地最低工资标准），并且这种约定不违反法律的强制性规定，那么这种约定可能是有效的。然而，这种情况较为罕见，且需要用人单位能够提供充分的证据来证明其合法性。

总结来说，合同约定以基本工资算加班费通常是不合法的。用人单位在与劳动者签订劳动合同时，应明确区分基本工资和加班费，并分别进行约定，以确保劳动者的合法权益得到保障。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。