结论前置：合同约定加班费计算基本工资低于实际工资，其合法性需分情况讨论，但通常情况下，仅以基本工资作为加班费计算基数且该基数低于实际工资的做法是不合法的。
法律依据与合法情形分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，加班费的支付标准是基于劳动者正常工作时间工资的一定比例。这意味着加班费的计算基数应当反映劳动者正常工作时间的实际收入水平。
- 《工资支付暂行规定》也明确指出，加班费的计算基数应按照劳动合同的约定来确定，且不得低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位相对应的工资标准。若劳动合同或集体合同未明确约定，则应按照劳动者本人正常劳动应得的工资确定。
合法情形：
- 在极少数情况下，如果劳动合同中明确约定加班费计算基数为基本工资，且该约定是双方平等自愿、协商一致的结果，同时该基本工资不低于当地最低工资标准，且按照该基本工资计算出的加班费不低于法定最低加班费数额，那么这种约定可能是合法的。但这种情况非常罕见，因为大多数劳动者的工资构成都包含除基本工资外的其他收入部分，如绩效工资、奖金、津贴等。
不合法情形分析
违反法律强制性规定：
- 如果合同约定的加班费计算基数（基本工资）低于劳动者的实际工资，且按照该基本工资计算出的加班费低于以实际工资为基数计算得出的法定最低加班费数额，那么这种约定显然违反了法律的强制性规定，是不合法的。
损害劳动者权益：
- 加班费是劳动者因加班而应得的额外报酬，其计算基数应当反映劳动者正常工作时间的实际收入水平。如果仅以基本工资作为计算基数，而忽略了其他货币性收入，如绩效工资、奖金等，那么劳动者的实际加班报酬将受到损害，这种约定也是不合法的。
显失公平：
- 如果用人单位利用其优势地位或劳动者缺乏经验等情形，使劳动者在违背真实意思的情况下约定以基本工资作为加班费计算基数，且该约定明显对劳动者不利，那么这种约定可能因显失公平而被认定为无效。
实际操作建议
- 审查劳动合同：劳动者应仔细审查劳动合同中关于加班费计算基数的约定，确保该约定合法且合理。
- 要求调整：如果发现用人单位约定的加班费计算基数低于实际工资，劳动者有权要求用人单位按照法律规定调整并补发加班费。
- 寻求法律援助：如果用人单位拒绝调整或补发加班费，劳动者可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助来维护自己的合法权益。
示例说明
假设某劳动者的月工资构成如下：基本工资2000元，绩效工资3000元，总计5000元。如果劳动合同约定加班费计算基数仅为基本工资2000元，那么按照法定标准计算出的加班费将远低于以实际工资5000元为基数计算得出的加班费。在这种情况下，劳动者有权要求用人单位按照实际工资作为加班费计算基数来支付加班费。
综上所述，合同约定加班费计算基本工资低于实际工资的做法通常是不合法的。劳动者应了解自己的权益并积极维护，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。