结论前置：加班费约定按最低工资标准作为基数计算，一般情况下是不合法的。用人单位应当依据劳动合同约定或法律规定的标准，合理支付劳动者的加班费。

法律依据与详细解释

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条及《工资支付暂行规定》第十三条的相关规定，加班费的支付标准有明确的法律条文进行规范。具体来说：

1. 加班费支付标准：

   • 安排劳动者延长工作时间的，需支付不低于工资的150%的工资报酬；
   • 休息日安排劳动者工作且不能安排补休的，需支付不低于工资的200%的工资报酬；
   • 法定休假日安排劳动者工作的，需支付不低于工资的300%的工资报酬。

2. 加班费的计算基数：

   • 加班费的计算基数应首先依据劳动合同的约定来确定。若劳动合同中有明确约定的工资数额，该数额即为加班费的计算基数；
   • 若劳动合同中工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”等，则应以各项工资的总和作为基数计发加班费；
   • 在劳动合同没有明确约定工资数额或约定不明确的情况下，应以实际工资（扣除加班费、伙食补助和劳动保护补贴等）作为计算基数；
   • 关键点：加班费计算基数不得低于当地最低工资标准，但更不得畸低于劳动者正常工作时间工资标准。仅以最低工资标准作为加班费计算基数，往往会导致劳动者实际获得的加班费低于法定标准。

不合法情形举例

以员工小李为例，假设其月工资为5000元，且劳动合同未对加班费计算基数另有约定，当地最低工资标准为2000元。若用人单位试图按照最低工资标准2000元来计算小李的加班费，这显然是不合法的。正确的做法应该是以小李的正常出勤月工资5000元为基数来核算加班费。

特殊情况说明

虽然一般情况下按最低工资标准计算加班费是不合法的，但也存在一些特殊情况或误解需要澄清：

1. 双方自愿且公平：如果劳动合同中明确约定加班费计算基数为最低工资标准，且该约定是双方平等自愿、协商一致的结果，同时该约定不违反法律强制性规定（即按照最低工资标准计算出的加班费不低于法定最低加班费数额），且未导致显失公平（即劳动者在签订合同时未受迫于用人单位的优势地位或自身缺乏经验），那么这种约定在理论上可能是合法的。但实践中，这种情况极为罕见，因为最低工资标准通常远低于劳动者的正常工作时间工资。

2. 地区差异与政策：不同地区的最低工资标准和加班费规定可能有所不同，因此在具体判断时需要结合当地的法律法规和政策文件。但无论如何，加班费的计算基数都不应低于劳动者的正常工作时间工资。

劳动者的维权途径

如果劳动者发现用人单位存在按最低工资标准计算加班费这一不合法行为，可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 协商沟通：首先尝试与用人单位进行协商，要求其按照正确的计算基数支付加班费；
2. 投诉举报：若协商无果，可以向当地的劳动保障监察部门进行投诉，由相关部门责令用人单位改正并支付相应费用；
3. 申请劳动仲裁：在必要时，劳动者还可以申请劳动仲裁，通过法律途径要求用人单位补足加班费差额，甚至在符合条件的情况下主张相应的经济补偿。

总结：加班费按最低工资标准计算在大多数情况下是不合法的。用人单位必须依法支付加班费，而劳动者也有权通过多种途径维护自己的合法权益。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。