劳动合同约定的加班费基数低于最低工资标准是不合法的，以下从多个角度为你详细分析：

法律依据层面

1. 《劳动法》及相关规定：

   • 《劳动法》和《劳动合同法》明确规定了加班费的支付标准和计算方式，加班费通常应基于劳动者的正常工作时间工资来计算。
   • 《工资支付暂行规定》等法规也指出，用人单位在安排劳动者加班时，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的相应倍数支付加班费。这里的“劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准”，显然不是指最低工资标准，而是劳动者正常工作时间的实际工资。

2. 最低工资标准的定义与意义：

   • 最低工资标准是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。它旨在保障劳动者的基本生活需求，而非作为加班费的计算基数。

合法与不合法情形分析

1. 合法情形（理论上极少存在）：

   • 若劳动合同中明确约定加班费计算基数为最低工资标准，但该约定是双方平等自愿、协商一致的结果，且按照最低工资标准计算出的加班费不低于法定最低加班费数额（即以正常工作时间工资为基数计算得出的加班费），同时该约定未导致显失公平（如劳动者未受迫于用人单位的优势地位或自身缺乏经验而签订），在极端特殊且严格符合这些条件的情况下，可能被视为合法。但这种情况在实践中几乎不存在，因为最低工资标准通常远低于正常工作时间工资，以此为基数计算加班费很难达到法定标准。

2. 不合法情形：

   • 违反法律强制性规定：如果以最低工资标准为基数计算出的加班费低于以正常工作时间工资为基数计算得出的法定最低加班费数额，则这种约定直接违反了法律法规的强制性规定，是不合法的。
   • 显失公平：用人单位利用其优势地位或劳动者缺乏经验等情形，使劳动者在违背真实意思的情况下约定以最低工资标准作为加班费计算基数，且该约定明显对劳动者不利，可能因显失公平而被认定为无效。
   • 低于正常工作时间工资：劳动合同或集体合同中约定的加班费计算基数不应低于劳动者的正常工作时间工资，否则将违反法律法规的规定，损害劳动者的合法权益。

实际操作与劳动者权益保护

• 地区差异与政策：不同地区的最低工资标准和加班费规定可能有所不同，但在任何地区，加班费基数都不应低于最低工资标准这一基本原则是一致的。因此，在具体判断时，需要结合当地的法律法规和政策文件。
• 劳动者权益保护：劳动者如认为自己的加班费计算方式存在问题，首先可以尝试与用人单位进行协商解决。协商不成的，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。在实际操作中，劳动者应仔细审查自己的劳动合同，确保其中关于工资和加班费计算的条款符合法律法规的要求。同时，也要保留好相关证据，如工资条、加班记录等，以便在需要时提供证明。

总结与建议：劳动合同约定的加班费基数低于最低工资标准是不合法的行为，严重损害了劳动者的合法权益。作为劳动者，应了解自己的权利，并在必要时采取法律手段来维护自己的利益。同时，用人单位也应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。