公司约定以最低工资标准为加班费基数并不一定合法，其合法性需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：

合法情形

1. 双方平等自愿、协商一致：

   • 若劳动合同中明确约定加班费计算基数为最低工资标准，且该约定是双方平等自愿、协商一致的结果，没有违反法律的强制性规定，也没有导致显失公平，那么这种约定在法律上是有效的。但需注意，即使如此，按照最低工资标准计算出的加班费也不得低于法定最低加班费数额。

2. 不违反法律强制性规定：

   • 如果以最低工资标准为基数计算出的加班费不低于以正常工作时间工资为基数计算得出的法定最低加班费数额，且该约定未损害劳动者权益，那么这种约定也是合法的。

不合法情形

1. 违反法律强制性规定：

   • 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，加班费的支付标准和计算方式通常应基于劳动者的正常工作时间工资。如果以最低工资标准为基数计算出的加班费低于法定标准，则这种约定不合法。例如，若劳动者的正常工作时间工资远高于最低工资标准，而用人单位却试图以最低工资标准来计算加班费，这显然违反了法律规定。

2. 显失公平：

   • 如果用人单位利用其优势地位或劳动者缺乏经验等情形，使劳动者在违背真实意思的情况下约定以最低工资标准作为加班费计算基数，且该约定明显对劳动者不利，那么这种约定可能因显失公平而被认定为无效。

3. 低于正常工作时间工资：

   • 劳动合同或集体合同中约定的加班费计算基数不应低于劳动者的正常工作时间工资。如果以最低工资标准作为计算基数导致加班费低于正常工作时间工资的相应比例（如延长工作时间为150%、休息日为200%、法定休假日为300%），则这种约定也是不合法的。

实际操作与维权建议

• 地区差异与政策：不同地区的最低工资标准和加班费规定可能有所不同。因此，在判断公司约定以最低工资标准为加班费基数是否合法时，需要结合当地的法律法规和政策文件进行具体分析。
• 劳动者权益保护：如果劳动者认为自己的加班费计算方式存在问题，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助来维护自己的合法权益。具体来说，劳动者可以采取以下措施：
  1. 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，要求其按照法定标准支付加班费。
  2. 投诉举报：若协商无果，可以向当地的劳动保障监察部门进行投诉，由相关部门责令用人单位改正并支付相应费用。
  3. 申请劳动仲裁：在必要时，劳动者还可以申请劳动仲裁，通过法律途径要求用人单位补足加班费差额，甚至在符合条件的情况下主张相应的经济补偿。

综上所述，公司约定以最低工资标准为加班费基数的合法性需根据具体情况来判断。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到保障。如果您对此问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。