合同中约定按基本工资来计算加班费，这一做法是否合法，需分情况讨论：

1. 若基本工资不低于当地最低工资标准，且合同约定明确：

   • 在这种情况下，如果劳动合同中明确约定了加班费的计算基数为基本工资，并且该基本工资不低于当地政府规定的最低工资标准，那么这种约定是合法的。因为劳动合同是双方自愿达成的协议，只要不违反法律法规的强制性规定，就是有效的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，加班费的计算基数通常应以劳动者正常工作时间工资为标准。而基本工资作为劳动者正常工作时间的工资组成部分，只要不低于最低工资标准，就可以作为加班费的计算基数。

2. 若基本工资低于当地最低工资标准，或合同约定模糊：

   • 如果基本工资低于当地政府规定的最低工资标准，那么这种约定就是违法的。因为用人单位支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准，这是法律的强制性规定。
   • 另外，如果劳动合同中对加班费的计算基数约定模糊，或者没有明确约定，那么根据相关规定，加班费的计算基数应按照劳动者正常工作时间的工资来确定，这通常包括基本工资、奖金、津贴等所有货币性收入。在这种情况下，仅按基本工资计算加班费可能也是不合法的。
   • 特殊情形：若合同中虽未明确加班费计算基数，但双方在实际履行中均认可按基本工资计算，且该基本工资不低于最低工资标准，同时未损害劳动者合法权益的，实践中也可能被认定为有效。但这种情况存在争议，建议尽量避免。

法律建议：

• 对于劳动者而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班费计算基数的约定。如果发现合同中的约定不合法或不合理，应及时与用人单位协商修改。
• 对于用人单位而言，应遵守相关法律法规的规定，合理确定加班费的计算基数，并确保不低于当地最低工资标准。同时，在劳动合同中应明确约定加班费的计算方式和标准，以避免不必要的劳动纠纷。

可能后果：

• 如果用人单位仅按基本工资计算加班费，且该基本工资低于当地最低工资标准或合同约定不明确，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求用人单位补发加班费差额及可能的经济补偿。

示例说明： 假设某地区最低工资标准为2000元/月，劳动者与用人单位签订的劳动合同中约定基本工资为1800元/月，加班费按基本工资计算。在这种情况下，由于基本工资低于最低工资标准，因此该约定是违法的。如果劳动者实际加班了，用人单位应按照不低于最低工资标准的工资水平来计算加班费。

总之，合同中约定按基本工资来计算加班费是否合法，取决于基本工资是否不低于当地最低工资标准以及合同约定的明确性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。