合同中约定基本工资作为计算加班费的基数，并不一定完全合规，具体需结合实际情况和法律规定来判断。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律规定层面

1. 加班费的计算基础：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，加班费的计算应以劳动者的正常工作时间工资为基数。具体来说，延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

2. 劳动合同的明确性：

   • 劳动合同应当明确劳动报酬的具体数额或计算方法，以及加班工资的计算基数。如果劳动合同中仅约定了基本工资作为加班费的计算基数，但未明确加班费的计算方式和标准，或者该约定明显低于劳动者正常工作时间的实际工资水平，这种约定可能因缺乏明确性和合法性而无效。

二、实际操作层面

1. 合理情况：

   • 对于工资结构简单、主要以基本工资为主的岗位，如果劳动合同中明确约定了基本工资作为加班费的计算基数，并且该约定不低于当地最低工资标准，也符合劳动者正常工作时间的实际工资水平，那么这种约定可能是合理的。

2. 不合理情况：

   • 对于工资结构复杂、包含多种津贴、补贴、绩效工资等项目的员工来说，如果仅按基本工资计算加班费，会显著减少其应得的加班费，损害其经济利益。这种情况下，应按实际工资总额作为计算基数。
   • 如果劳动合同中约定的基本工资明显低于劳动者正常工作时间的实际工资水平，或者企业未经协商一致单方面决定按基本工资计算加班费，这些做法可能损害劳动者的合法权益，被视为不合理且可能违法。

三、建议与注意事项

1. 明确约定：

   • 在签订劳动合同时，双方应明确约定加班费的计算基数、计算方式和支付时间等，确保约定内容清晰、明确，无歧义。

2. 遵守法律法规：

   • 所有约定均必须符合法律法规的强制性规定，不得损害劳动者的合法权益。特别是加班费的计算基数不得低于当地最低工资标准，同时也不得低于劳动合同约定的正常工作时间工资。

3. 充分协商：

   • 双方在签订合同时应充分协商，确保约定内容真实、合法、有效，体现双方的真实意愿。如果劳动者对加班费的计算方式有异议，应及时提出并与用人单位进行协商。

4. 维护权益：

   • 如果劳动者认为按基本工资计算加班费不合理，应首先尝试与用人单位进行协商沟通，要求按照法律规定或合理的方式重新确定加班费计算基数。若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

举例说明：假设某员工的月工资由基本工资3000元、岗位津贴1000元和绩效工资1000元组成，总计5000元。如果劳动合同中仅约定按基本工资3000元作为加班费的计算基数，那么该约定可能不合理，因为实际工资总额为5000元。在这种情况下，劳动者有权要求按实际工资总额5000元作为加班费的计算基数。

综上所述，合同中约定基本工资作为计算加班费的基数并不一定完全合规，具体需结合实际情况和法律规定来判断。如果你在这方面有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。